明代宦官有一系列的管理制度，包括选用制度、管束制度、奖赏制度、病老丧葬制度等。
选用制度。当时规定，凡自愿阉割要求成为宦官者，事先必须得到官府的批准。明代曾规定，一家有四五个孩子以上、愿意将其中的一个孩子阉割者，由相关部门登记造册，待收补之日选用，如果私自阉割，一经发现，课以重治，邻居知而不报者，一并治罪。但是，这一规定并未能严格遵行。从明代录用宦官的实际情况来看，除了按照规定报名就阉、候补收用者之外，朝廷还大量直接录用了那些未经报名起送而私自至京的自宫者。明代宦官录用事务的主管机构为礼部。但是，随着司礼监地位的不断提高，录用宦官事务逐渐由司礼监会同礼部办理，宦官机构在实际上已拥有相当的决定权。
管束制度。在明朝初年，明太祖明确规定，“寺人不过侍奉洒扫，不许干与政事”。除此之外，明廷还曾陆续制定了一些有关宦官管束惩罚的具体制度。宦官犯法，照例由司法机构逮问治罪。或下刑部狱，或下都察院狱，或下锦衣卫狱，并由法司议罪。为了惩治宦官在外犯法，明廷还特意强调了“有司”惩治犯法宦官的职权。对犯法宦官的惩罚方式，主要包括死刑、籍家、革职、革荫、降职、调斥、杖笞等。
明宣宗赐宦官银皿奖赏制度。宦官因功劳或因受到君主宠幸，除擢升官职外，其他奖赏方式还有赐金银、加禄米、赐免死诏、赐印记、赐敕旌励、赐祭赐祠、父母授(赠)官号、弟侄族人荫官授爵等。
病老丧葬制度。宦官年老有病，多退居京城内外各寺庙，供给柴米、冬衣、靴料，以颐享天年。宦官供职内廷期间，如患病可到安乐堂就治，病愈后销假继续供职。如果病故，则由内官监给棺木，由惜薪司给焚化柴，抬至净乐堂焚化。地位较高的宦官死后，可以特旨赐葬并建造碑亭享堂。
明初，内廷宦官机构开始设立。明太祖统治期间，宦官机构及有关职官设置变动频繁，宦官数量不断增加，相关机构逐步膨胀。到洪武年间，明代宦官机构及职官设置已基本形成定制。明代的宦官机构，以“二十四衙门”为基本主体。二十四衙门包括有十二监、四司、八局。宦官除在内廷任职之外，还能出任各种外差使职。按照原来的规定，这二十四衙门主要只是在皇帝周围服役、为其生活服务的部门。但事实上，明代的宦官已经发展成为极其重要的政治势力，不但掌管了宫廷内有关饮食起居的一般事务，还控制了全国的军政要务。
司礼监是明代宦官二十四衙门中的首席，也是整个宦官系统中权势地位最高者，司礼监“无宰相之名、有宰相之实”。明代历代擅政的宦官如王振、刘瑾、冯保、魏忠贤等，均为司礼监太监。司礼监的职权主要有三项，一是批答奏章，传宣谕旨，这是司礼监最重要的职权;二是总管有关宦官事务，司礼监不仅在各宦官机构中处于“第一署”的地位，而且实际上也居于总管、统领其他宦官机构的地位;三是兼顾其他重要官职，当时宦官系统的其他一些重要官职，如东厂提督、南京守备等，或专由司礼兼领，或为司礼外差，这也是司礼监职权的一个重要方面。御马监铜牌司礼监的第一项职权成为历史上宦官所拥有的最大权力，也是明代司礼监权势显赫的根本原因。
其他十一监是：内官监(主要掌管采办皇帝所用的器物，如围屏、床榻、桌柜等)、司设监(掌管卥簿、仪仗、围幙、帐幔、雨具等)、御马监(主管内府马政)、神宫监(掌管太庙及各庙的洒扫及香灯等)、尚膳监(掌管御膳、宫内食用和筵宴等)、尚宝监(掌管宝玺、敕符、将军印信)、印绶监(掌管古今通集库以及铁券、诰敕、贴黄、印信、图书、勘合、符验、信符等)、直殿监(掌管各殿及廊庑洒扫之事)、尚衣监(掌管皇帝的冠冕、袍服、靴袜等)、都知监(起初负责各监行移、关知、勘合等事，后来专门跟随皇帝，负责导引清道)。
宦官四司是：惜薪司(掌管宫中所用柴炭和二十四衙门、山陵等处内臣柴炭等)、钟鼓司(掌管皇帝上朝时鸣钟击鼓以及演出内乐、传奇、过锦、打稻等杂戏)、宝钞司(掌管造办粗细草纸)、混堂司(掌管沐浴之事)。
宦官八局是：兵仗局(掌造军器，包括刀枪、剑戟、鞭斧、盔甲、弓矢等各类兵器)、银作局(负责打造金银器饰)、浣衣局(该局是二十四衙门中唯一不在皇宫中的宦官机构，局址在德胜门以西，由年老及有罪退废的宫人充任)、巾帽局(掌管宫中内使帽靴、驸马冠靴及藩王之国诸旗尉帽靴)、针工局(负责制作宫中衣服)、内织染局(职掌染造御用及宫内应用缎匹绢帛之事)、酒醋面局(掌管宫内食用酒、醋、糖、浆、面、豆等物)、司苑局(掌管宫中各处蔬菜瓜果及种艺之事)。
可见，明代宦官的组织机构和职权都达到了最高点，职权已渗透到社会生活及宫廷生活的各个方面，二十四衙门已大大超过了明代以前宦官组织机构的规模，但是，明代宦官的组织机构绝还不仅仅限于这二十四衙门。在二十四衙门以外，明代宦官还拥有相当多的组织机构。如内府供用库、司钥库、内承运库、广盈库、广惠库、广积库、御酒房、御茶房、牲口房、刻漏房、更鼓房、盔甲厂、林衡署、织染所、安乐堂等。
明代的宦官人数到底有多少，史书上并无明确记载。但从整体上讲，随着时间的推移，明代政治的日趋腐朽，宦官的人数呈急剧增加的趋势，由明初的数百人发展到明末的数万人(一说七万人，一说十多万人)。比如在正德十一年(1516年)就一次录用自宫者3000多人，从万历元年至万历六年之间，两次从自宫者中就录用了6000多名宦官。
历代宦官都没有什么学问。明朝也不例外，如大宦官刘瑾就是个文盲，魏忠贤连自己的名字都不认识。但明朝的宦场上有一个有趣的现象：宣宗时设立了内书堂，用今天的话来说就是宦官学校。宦官学校收容了十岁以下的学生两三百人，司礼监总督任校长，学长由德高望重的长者担任，请翰林院的学士来教导学生。宣德四年(1429年)，具有小学士头衔的礼部尚书陈山担任教师。学生所研读的课本是《百家姓》、《千字文》、《孝经》及《四书》、《千家诗》、《神童诗》之类。评定成绩的标准是以背诵能力和字体的工整度。成绩特别低劣和犯规者，由老师登记在成绩表上交给总督。明朝第一个开始专权的宦官王振就出自内书堂。