明代，承袭前代的制度，官员可以采用题本和奏本两种方式上书皇帝。其中，弹劾、兵马、钱粮、司法等公事用题本，陈述私事用奏本。清代前期，也沿袭了这种制度。但是，题本的拟写和行文程序复杂，必须用仿宋体书写，加黄，折面要求摘要，还需要誊写副本，制作完毕后递交通政使司转内阁，经内阁学士审核、草拟批答后呈送皇帝，皇帝批阅后再经人用满、汉文字誊清，然后发还，太过复杂。
此外，题本很容易泄密，题本经过拟写人、通政使司、内阁、皇帝、抄写人等，环节多，过手者众，难免泄露。而奏本虽然比题本简单，但是要经历与题本相同的环节，同样存在着易泄密的缺陷。
顺治年间，为了避免这些不便，产生了一种新的文书形式——奏折。奏折不拘格式，书写自由，不必加贴黄，拟写快捷，而且无须送通政使司转内阁，可以直接呈递，由皇帝亲自启阅批示、保密性很强。乾隆年间，为了便于臣下上书，上谕旨：“同一入告，何必分别名色。”从此，奏折成为了国家正式文书。
国家的事务何其复杂，有些事情只需皇上知会，不能公开言传，于是，便出现了一种只能由皇帝知晓的奏折，称为密奏或密折。
秘密奏折最早出现在顺治朝。康熙继位后，密折的作用越发重要，康熙认为使用密奏能使“人不能欺朕，亦不敢欺朕”，故予以推行，并命令亲信文武大臣须经常向他“附陈密奏，故各省之事不能欺隐”。现存有康熙朝的密奏三千余件，系由百余人所呈，说明密奏的运用比顺治时更广泛。
雍正登位后，为了直接了解下情，整肃吏治，以加强皇权、巩固统治，大力推行密奏，并建立起一套严密的制度，尚书、侍郎等官，每日一人轮班奏事，密折封进。同时，雍正朝有具折权的官僚队伍较康熙朝大幅度扩大。据统计，康熙朝有秘密奏事权的官员仅100多人，而雍正朝短短13年便发展到1200多人。大学士、总兵官及各省督、抚、提、镇、藩、臬皆可就有关政治、军事、经济、吏治、民情风俗等情况，具折密奏。
此外，雍正朝密折制度已经程序化，自缮折、装匣传递，到批阅、发还和收缴，都有条不紊运行。密折须具折人亲笔写好后，装入折匣，然后递送。为了及时收发、批阅、处理密折，雍正帝设立了专门转呈、接受密折的机构——奏事处，由专门的奏事官接收、转呈密折。凡拥有折奏事权的官员都是雍正帝安插在官僚中的“耳目”，而奏事人自己又受其他一个或几个奏事人的秘密监督，形成互相监视的局面。这样，人人都处于受监视的境地。
密奏制度使皇帝直接处理庶务，加强了皇权。此外，密奏不经通政使司、内阁等机构，因此，事情往往可以很快确定，大大提高了行政效率，此外，还使地方大员彼此制约、不敢违法擅权，有利于整肃吏治。