杨起隆起事，是康熙年间以“朱三太子”为号召影响较大的一次。杨起隆，虽为无业游民，但为人果敢，有谋略。康熙十二年（1673）十二月，吴三桂在云南发动叛乱，杨起隆借机在京城率众举事，起义失败后，杨起隆逃脱。之后，清廷多次搜捕、缉拿在逃的杨起隆，一无所获。
康熙十六年（1677），福建永春县人蔡寅，号“白头贼”，自称“朱三太子”，凭借巫术惑众，带兵数万，与台湾的郑经相互勾结，攻打漳州，后被海澄公黄芳世歼灭于天宝山；同年六月，河南柘城也有人自称明“朱三太子”，率众起事，也遭到了清廷的镇压。
康熙十八年（1678），陕西汉中、兴安一带有人自称“朱三太子”起兵抗清，后被抚远大将军图海击败逮捕。此人自称杨起隆，经杨起隆家人及其同伙辨认，得知此人曾是杨起隆部下，知道事情原由，因此借“朱三太子”之名谋划造反。康熙十九年(1690)，假杨起隆被押往北京处死。
杨起隆本人虽然销声匿迹，不知所终，但“朱三太子”的名号却作为一种有力的号召，更为许多起事者所借用。康熙三十八年（1798），江南金和尚拥立一个七十多岁的老头为“朱三太子”，聚众太湖，密谋在康熙南巡时将其劫持，关键时刻由于发炮不鸣，最后双双被捕伏诛。
康熙四十六年（1707）十一月，江苏太仓州与浙江四明山几乎同时暴动，且首领都以“朱三太子”为号召，因此引起了康熙的特别重视。他一边亲自批阅奏折，部署追捕方案；一边派人乔装打扮，细访贼人老巢；并特别强调一定要立即缉捕所有涉案人员，与现获贼犯一并审结。
对康熙来说，“朱三太子”本人并不可怕，但“朱三太子”这面大旗的感召力却不可轻视。所以，每次爆发以“朱三太子”为名号的起义，都会让康熙感觉犹如芒刺在背；而每次只抓到伪“朱三太子”，却让康熙大失所望、寝食难安。那么，真正的朱三太子究竟身在何方？
崇祯共生七子，其中二、六、七子早殇，只剩下长子朱慈烺、三子朱慈炯、四子朱慈炤、五子朱慈焕。明亡后，朱慈烺、朱慈炯、朱慈炤三人流落民间，不知所终，但据后来朱慈焕被捕后交代，三个皇兄均被清廷捕杀。朱慈焕因与四哥朱慈炤同岁，所以人们习惯把他称作“朱三太子”。
李自成攻破北京后，朱慈焕被迫离开宫廷，到处颠簸流离，过着朝不保夕的生活。后来，朱慈焕改名王士元，入赘浙江余姚胡家，生有六儿三女，但是，他担心被别人利用，害怕成为反清的一块招牌，所以不敢在余姚常住，而是长期在四明山一带辗转，以教书糊口。
四明山“朱三太子”案，让朱慈焕甚感恐慌。于是，他带着老婆孩子躲到了宁波。慈溪县的叶氏兄弟，便携朱慈焕的四子朱壬“欲图为匪”，后因事机暴露作罢。后来，朱慈焕又化名何诚躲避到镇海县。房东张月怀借机以“朱三太子”的名义，秘密开展反清活动，朱慈焕因此惶恐不安。
康熙四十五年间，朱慈焕先后逃往湖州长兴县和山东汶上县避难。康熙四十七年（1708）四月，朱慈焕在汶上县被清廷抓获，后经九卿科道会审，几个已经投降清廷的明朝老太监辨认后也均称“不认识”。于是，清廷判定朱慈焕为“假冒”，将其凌迟处死，几个儿子全部被斩。
几十年来，朱慈焕隐姓埋名、东躲西藏，并没有真正从事过“反清复明”。但作为一种号召，“朱三太子”的名号对清政府确实构成了威胁，所以朱慈焕含冤背上了“莫须有”的谋反罪名。《明史》中说朱慈焕五岁病逝，不过是给朱慈焕硬加上了一个以“朱三太子”为名蛊惑人心的罪名。
朱慈焕死了，“朱三太子”案似乎应该尘埃落定了。但康熙六十年(1721)台湾朱一贵起义，仍然尊奉“朱三太子”的名号。可见，在清初很长一段时间内，“朱三太子”已经成为一面不倒的旗帜。从康熙十二年到康熙六十年，全国共发生了十起“朱三太子”案件。《康熙王朝》把“朱三太子”锁定在杨起隆一人身上，与史实不符。