很多人误以为，是清政府烧了少林寺，这是错的。事实上，清代诸帝很关心少林寺，或亲书匾额，或巡游寺宇。乾隆十五年(1750年)，乾隆皇帝亲临少林寺，夜宿方丈室，并亲笔题诗立碑。从清朝白衣殿壁画和文献记载，少林功夫在清朝以来，仍维持着很高的水平。
真正毁了少林寺的，是冯玉祥!
1928年军阀混战，军阀冯玉祥的部下石友三火烧少林寺，把天王殿、大雄殿、法堂和钟楼等建筑被毁于一炬，许多珍贵的藏经、寺志、拳谱等烧成灰烬。
那么，冯玉祥为什么要屠灭少林寺呢?原因因很简单，因为少林寺的主持妙兴为了保护少林寺，并且保护一方平安，投靠了吴佩孚，做了团长。
民国十五年(1926年)七月，广州革命军开始北伐。九月，冯玉祥(1882～1948年)宣布脱离北洋军阀，参加国民革命。吴佩孚联合张作霖(1875～1928年)攻打冯玉祥，被北伐军击败。
次年(1927年)春，冯玉祥占领西安，配合北伐军合攻河南。二月，妙兴所率第一团奉命开往郑州，又调往舞阳。三月六日，在与任应岐部交战中，妙兴阵亡，年仅三十七岁。六月，遗体由弟子体信运回少林寺，葬于寺东北山坡上。民国十七(1928年)年三月，妙兴的上级樊钟秀乘冯玉祥的国民军后方空虚，夺占了巩县及偃师县，但不久被冯部将领石友三夺回。樊钟秀南撤，转攻登封县城，其司令部即设在少林寺内。石友三部向南追击，至辗辕关(十八盘)，少林寺僧助樊狙击，终不敌而溃。200多僧众也几乎被杀尽。
三月十五日，石友三追至少林寺，遂纵火焚法堂。次日，驻防登封的国民军(冯玉祥部)旅长苏明启，命军士抬煤油到寺中，将天王殿、大雄殿、紧那罗殿、六祖殿、阎王殿、龙王殿、钟鼓楼、香积厨、库房、东西禅堂、御座房等处，尽付一炬，以泄其愤。至此，千载少林寺的历史建筑尽毁。妙兴投靠北洋军阀，出任团长，参与征战，不但违背了佛寺清规，且引来了少林寺的劫难。
此后的少林寺当家和尚淳朴(巩县回郭镇人)、贞绪(1893～1955，巩县鲁庄乡南村人，俗姓李)等人，只在维系山门而已。1982年以后，国家为方便中外文化交流对少林寺进行了大规模修复重建，现已形成以山门、天王殿、大雄殿、藏经阁、方丈室、立雪亭、西方圣人殿为主题的嵩山少林建筑群，使千年古刹焕发出新的光彩。
然而，我们一向敬重的冯玉祥，不问青红皂白，竟将少林寺屠灭，不但杀尽了武僧，还将千年历史建筑、及大量珍贵文献如佛经、拳谱全部毁掉，这就不仅仅是鲁莽了。资料记载，1927年，笃信基督教的冯玉祥在河南废寺逐僧，将大相国寺改成市场。并发动全省毁佛运动，所有比丘、比丘尼一律驱逐。所有寺产没收，寺院改为学校，或作救济院、图书馆，或成为娱乐场所。继河南之后，直、鲁、秦等地，也都纷纷盲从，华北佛教因此几乎衰绝。从这个角度看，冯玉祥屠灭少林的原因，也就明了了。
实事求是地看每一个人物，也应该包所括冯玉祥。实事求是地看冯玉祥，也不能不看他屠毁少林寺这个重大的历史事件。
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冯玉祥(1882.11.6—1948.9.1)，中华民国高级将领，西北系军阀首领，爱国民主人士。谱名基善，表字焕章。原籍安徽省巢县(今巢湖市)夏阁镇竹柯村，生于直隶青县(今属河北保定)兴集镇。中华民国北京政府陆军上将，国民革命军陆军一级上将军衔。
1924年发动北京政变，推翻直系军阀政府，后五原誓师，曾取得武清击败直鲁联军(属国奉之战)、1926年第一(二)次兰封之战等战役的胜利。是蒋介石的结拜兄弟，系国民政府抗战青天白日勋章、美国总统二战银质自由勋章、国民政府首批抗战胜利勋章三大抗战勋章获得者。