1649年(顺治六年、永历三年)前后，郑鸿逵、郑成功军同广东郝尚久部争夺潮州之战，是南明史上的一次内讧。郝尚久是李成栋的部将，入广后奉命镇守潮州。1648年李成栋反清归明，郝尚久也随之反正，永历朝廷封为新泰伯。按理说，潮州紧接郑氏家族占领的铜山、厦门一带，本应共赴国难，联军恢复福建。可是，南明的派系矛盾使这一前景归于幻灭。江日升记载，李成栋反正后曾经上疏建议“速当发诏通成功，连兵恢复”，永历帝也曾为此颁发诏书。郑成功叔侄却垂涎于广东潮州一带产粮区，早在1648年(顺治五年、永历二年)四月，郑鸿逵就率领舟师三千余名来到潮州府属的揭阳县征粮收饷。这正是李成栋反清复明的时候，双方的摩擦日益加深。郑成功曾经派杨乾生为使者致信潮州总兵郝尚久，遭到断然拒绝。郑成功信中究竟提出了什么要求，未见明确记载，估计是以“连兵”为由要求入驻该府。郑氏集团觊觎潮、惠由来已久，定国公郑鸿逵和郑成功急于解决粮饷来源问题，原先随李成栋入广的郑芝龙部将施福(又名施天福)等人又因长期受到李成栋等“北人”的歧视，一直耿耿于怀，纷纷怂恿郑成功夺取潮州，以泄私愤。杨英的一段记载透露了其中委曲：
时武毅伯施天福同黄海如来见，藩(指郑成功)令天福典兵柄;辞以老，从之。谓海如曰：“我举义以来，屡得屡失，乃天未厌乱。今大师至此，欲择一处，以头(?)练兵措饷之地，必何而可?”海如曰：“潮属鱼米之地，素称饶沃，近为各处土豪山义所据，赋税多不入官，藩主策而收服之，藉其兵□而食其饷，训练恢复，可预期也。”藩曰：“我亦思之，但潮邑属明，未忍为也。”时参军藩□□言曰：“宜先事入告，然后号召其出师从王，顺者抚之，逆者讨之。”
这段记叙反映了郑成功出兵广东时的矛盾心理，既“思”夺取这块“素称饶沃”之地，又因该处已“属明”不“忍”下手。那位参军建议“先事入告”(即报告永历皇帝)，然后“名正言顺”地取之。这在实际上根本行不通，无非是为打内战找一个自欺欺人的借口。永历皇帝当时在很大程度上是依附于反正过来的李成栋等“东勋”，不论郑成功以什么理由上疏朝廷要求把成栋部将控制下的潮州转交给自己，永历朝廷决不会同意。尽管如此，郑鸿逵和郑成功在1649年到1650年多次出兵广东，除击败盘踞潮州沿海达濠埔等处的许龙、张礼等“不清不明”的地方武装外，主要目的是同郝尚久争夺潮州府。1649年(顺治六年、永历三年)八月，郑鸿逵舟师与郝尚久军交战于揭阳，互有胜负。“十二月十七日，郑成功亲率林胜、杨才、黄山、施信、杨勇、洪进、阮引、康明、甘辉、黄凯、史朝纲、潘加钟、林期昌、林翰、颜尚通、肖武、戴彰、翁文贤等共二十四镇至揭，每镇五百人，大举入潮”，与郑鸿逵会师。郑成功明知郝尚久镇守下的潮州府已属南明永历朝廷，“彼尚藉明号，岂可自矛盾”，却故意制造事端，擅自派遣军队到处搜刮粮饷，遇有“不服输将”者就“声罪致讨”，攻城破寨，俘掠百姓。郝尚久见郑军在自己的管辖区内如此胡作非为，愤而出兵阻拦。郑成功就乘机宣布“郝虏助逆，加兵擒而灭之，师出有名矣”，肆无忌惮地大打内战，先后占领了潮州府属的海阳、揭阳、潮阳、惠来、普宁等县，并在1650年(顺治七年，永历四年)六月间包围了潮州府城。
永历朝廷对郑成功的挑起内衅显然是不赞成的，但又无可奈何。鲁可藻在记载永历四年(1650)八月朝廷给“东勋”(李成栋部将)杜永和、张月、李元胤、张道瀛、郝尚久、李建捷、罗承耀、马宝晋封侯爵一事时，对郝尚久评论道：“尚久则未尝有事，虽朱成功围困潮城，乃穴中之斗，难以言功。”九月，朝廷派中书舍人陆漾波以监军给事中名义“捧敕回潮州，谕解朱成功、郝尚久之争”。
就在郑军争夺潮州府的时候，清尚可喜、耿继茂军由江西南下，于1650年二月进抵广州城下。三月，镇守惠州府的明奉化伯黄应杰、惠潮道李士琏剃发降清。尚可喜等派尚奇功、白万举二将往惠州“协守”。郝尚久镇守的潮州西面已归附清朝，与永历朝廷隔绝;东面又遭到“遥奉永历”的郑成功军的进攻，他一怒之下同潮惠巡道沈时决定叛明降清。六月二十五日派戎旗游击刘清正等赴福建漳州请清兵来援，同时向清平、靖二藩递上降表请援。尚可喜和耿继茂当时正顿军于广州坚城之下，无兵可派，转檄福建漳州总兵王邦俊出兵援潮。王邦俊当即率师入潮，会同郝尚久击败郑成功，迫使郑军退回福建铜山。
就事实而言，郑成功、郑鸿逵进攻潮州是极不策略的，它加速了清军侵占广东全省的过程。郑氏集团鼠目寸光，只知从自身利益出发，想夺取已属于南明永历朝廷的潮州府，借以解决粮饷问题。结果是鹬蚌相争，渔翁得利，迫使郝尚久把这块富饶之地献给了清方。郑成功以铜山、南澳一带为基地，背靠永历朝廷管辖区，如果以大局为重，西连两广，北连舟山，南明各派抗清武装气脉相通，可以有一个全盘的复兴计划。至于粮饷困难，郑成功本可上疏请求永历朝廷拨给或经正当途径到潮、惠等地采购。郑氏志不在此，一心想在南明政权内部扩张自己的领地，终于导致大局逆转。某些史著把郑成功1649—1650年潮州之役归入抗清范畴，显然不正确。