圆明园在1860年遭受了英法联军的毁灭性破坏，他们掠夺珍宝、焚毁全园建筑，园区被火烧之后荒凉满目。但事实上，整个劫掠过程只在几天之内，英法军离开后，园内还留有不少建筑遗迹，有的建筑还算完整，同治时期，园内部分建筑还经过短期重修。
四川毛澂先生在1877年游园后，说：“无屋不随山曲折，无山不在水中间……远过秦地宜春院，肯数吴王消夏湾。”说明园内山水原貌仍在，一些小规模建筑基本完好。
1905年，康有为游圆明园时，还看到“虽蔓草断砾，荒凉满目，而寿山福海，尚有无数亭殿……竟曰仅能游其一角。有白石楼一座三层，玲珑门户，刻画花卉，并是欧式”。
可见，英法军火劫后的圆明园，在劫后40余年里依旧保持原有形象，不能燃烧的墙、门、台基建筑，英法军离开后依旧存在的花木、山、水、叠石、道路、桥梁及部分完整的建筑仍在。但这与今天圆明园的情况完全不同，那么，是谁将它再次彻底毁灭了呢?
“木劫”
1900年八国联军入侵北京，京城内外一片混乱，驻守西郊的散兵、太监、恶霸闯进圆明园，再次洗劫陈设、殿堂。而这一时期，外军撤离，京城处无政府状态，圆明园几乎无人看管，即使有人看管，也会被偷盗者暴打一顿，所以看管在那时根本不起作用。
八旗兵、土匪、百姓趁机纷纷涌向园内后，破坏双鹤斋、海岳开襟等残存建筑，建筑、木桥的柱子，全部被锯断，作为木料运走。“拆匪”们还砍伐松柏作为木材来变卖钱财，把全园所有的大小树木砍伐殆尽。那期间，东直门内木材堆积如山，交易旺盛，到处炭厂林立，一切小料、树枝、树根全部烧了炭，而这些材料大部分源自圆明园，这次破坏性的劫难为“木劫”。
“石劫”
木头被砍伐殆尽后，就只有盗取石头的份了。清末溥仪时期曾记录：“军人押车每日10余大车拉运园中太湖石。”北洋军阀把圆明园作为取之不尽的建料场，徐世昌拆走圆明园内鸣春园与镜春园的木材，王怀庆拆毁园中安佑宫大墙及西洋楼石料等等。大量精美的石材被一车车的运走，用以装饰私人庭院、公园。
圆明园遗址照片中，我们熟悉的西洋楼建筑、皇家在园中的祖庙安佑宫等，这些气势雄伟的建筑，是石劫中遭受损失最大的。后来，安佑宫和周围牌坊荡然无存，甚至仅存的两对华表也公开拆运了。现在一对华表耸立在北京大学西门内教学楼前，另一对则成了北海旁“北京图书馆”门前的装饰品。西洋楼遗址的汉白玉及砖瓦也多被军阀官僚运走，或被石作坊买去，就地改刻为其他石料。
中华民国初期，圆明园废墟中，无论地面的方砖、屋瓦、墙砖、石条，还是地下的木钉、木桩、铜管道等，但凡有用之物都被洗劫一空，无数量大车一拉就拉了20多年!这就是圆明园“石劫”。
“土劫”
火劫、木劫、石劫三次劫难后，圆明园建筑所剩无几，只剩下盗不走的山形水系。日本占领时期的1940年前后，北京粮食极其紧张，京城上下大行开荒，有人平山填湖开辟稻田。到新中国成立后至文革间期间，人们挖土山填湖、挖建筑的地基、在院内办养鸡场，部队用园区作基地等等，这一次，园内山形水系彻底破坏殆尽，是为土劫。从此，圆明园遗址的痕迹从历史上彻底抹掉。