嘉庆年间，天理教在滑县如火如荼的开展着，已经被朝廷所注意，而不为人注意的确实朝廷中却有太监是天理教徒，而他们正在紧锣密鼓的筹划着功占皇宫，尽管涉事林清和太监们正在紧锣密鼓，但嘉庆皇帝一无所知，还只是惦念滑县的天理教，盘算回到皇宫如何出招收拾。嘉庆哪里知道，自己的老窝也被天理教给惦记了，而且很危险，好在嘉庆没在皇宫。
九月十五日，早晨，在林清的指挥下，200多名天理教众从宣武门潜入内城，然后按组织分成东、西两队，乔装改扮，潜伏在东华门、西华门外。
午时一到，天理教准时行动，宫内太监也准点接应，目标就是皇宫大门——东华门和西华门。
这一天，有几名天理教民从西华门攻入隆宗门，然后顺着廊房越墙，冲向养心殿。而那个时候，诸皇子正在上书房读书。听说有人攻打皇宫，这些皇子并没有失去分寸，而是抄家伙，带头的就是那位提前回皇宫的皇次子旻宁(即后来的道光帝)。获知皇宫被袭后，旻宁“急命进撒袋、鸟铳、腰刀，饬太监登垣以望”。当时有的教民已经攀墙登殿，靠近了养心门。旻宁立于养心殿下，“发鸟铳殪之，再发再殪”，以鸟枪击毙墙上二人。在旻宁带领下，皇三子绵恺也持枪冲上前去，开枪射击。当听说皇宫被袭，那些留在京城的亲王着了急，“急率禁兵，自神武门入卫”，立即调动火器营的1000多人进入紫禁城救援。火器营的官兵到的时候，天理教的教众正准备放火焚烧隆宗门，晚到一步后果不堪设想。
这本就是一个闹剧，区区200人就想拿下堂堂大清朝的皇宫，也有点太不知道天高地厚了。在内城里面，天理教几十个人以短小兵器，去对付强大的禁军，只能失败，教众或遭擒或被杀，无一幸免。战斗结束后，经过一番搜查，7个内应太监也被一网打尽。
林清的被抓就更具悲剧色彩了，十七日晨，朝廷派人到南苑黄村西宋家庄林清家中，佯称：城中事已有成，奉相公命，延请入朝。林清还真就相信了，进了皇宫，继而被捕。
这个时候，嘉庆在哪里呢?他正在丫髻山行宫休假呢，当十六日获悉皇宫被攻袭的急报后，立即派吏部尚书英和先行回京处理相关事宜，随后匆匆返回。
两天后，即十八日，嘉庆命大臣起草《罪己诏》。十九日，嘉庆路过燕郊时，听说“有贼三千，直犯御营”，身边的护驾大臣、士兵个个吓得面如土色。嘉庆故作镇定，说：“不必惊惧。俟贼果至，汝等效力御之，朕立马观之可也!”事后证明，这是谣传，一场虚惊。
平定天理教起义后，嘉庆特颁《遇变罪己诏》，能在自己身上找原因，的确难能可贵。其大意说：猝于九月十五日，变生肘腋，祸起萧墙，天理教逆匪，犯禁门、入大内。大内平定，实皇次子之力也。我大清国一百七十年以来，定鼎燕京，列祖列宗，深仁厚泽。朕虽未能仰绍爱民之实政，亦无害民之虐事。突遭此变，实不可解。总缘德凉愆积，唯自责耳!然变起一时，祸积有日。当今大弊，在因、循、怠、玩四字，实中外之所同。朕虽再三告诫，舌敝唇焦，奈诸臣未能领会，悠忽为政，以致酿成汉、唐、宋、明未有之事，较之明季梃击一案，何啻倍蓰!思及此，实不忍再言矣。予唯返躬修省，改过正心，上答天慈，下释民怨。诸臣若愿为大清国之忠良，则当赤心为国，匡朕之咎，移民之俗;若自甘卑鄙，则当挂冠致仕，了此一身，切勿尸禄保位，益增朕罪。笔随泪洒，通谕知之。
从《遇变罪己诏》可以看出，嘉庆帝这个人比他父亲乾隆强一些，遇到不好的事情，还知道反省一下自己。虽然他对天理教攻打皇宫搞不明白，但他认为总缘“德凉愆积，唯自责耳”。又说：“予唯返躬修省，改过正心，上答天慈，下释民怨。”不管嘉庆是做样子也好，真心实意也罢，总算作了自我批评。
然后奖励有功者，事变后次日，封皇二子旻宁为智亲王。他说：“旻宁系内廷皇子，在上书房读书，一闻有警，自用枪击毙二贼，余贼始纷纷潜匿不敢上墙，实属有胆有识。朕垂泪览之……著加恩封为智亲王。”无疑，皇二子旻宁成为这次事变的最大赢家，两枪换来一个皇位。
嘉庆皇帝当然知道这件事主要责任在大臣身上，正如他说：“当今大弊，在因、循、怠、玩四字”。这的确说出了当时官场的普遍现象，也提出了解决的办法，要么“赤心报国”，要么“挂冠致仕”，而不要尸位素餐，误国误民，但却不见后来的执行。
不能不说，嘉庆皇帝是一个感情丰富的皇帝，习惯“声泪俱下”，天理教攻入禁城，他多次“泪下”，真是动了真情!但是，作为一个政治家，在重大事变面前哭天抹泪，不算英雄。要在有气魄、有格局、有毅力、有办法，勇于克服积弊，敢于进行改革。
天理教攻打皇宫，嘉庆说：这是大清国170年以来，也是汉、唐、宋、明以来所未有之事。丢人不丢人，丢人!嘉庆也知道这是丢人，发生了这样大的变故，面对困局，嘉庆没有大刀阔斧改革，而是在小事上动脑筋，郁闷地取消了自己的生日派对。他说：“十月初六日，为朕寿辰，国家典礼，自初三日，至初九日，俱穿蟒袍补褂，正日御正大光明殿受贺，此定例也。今岁突遇此祸，若仍照常年典礼而行，朕实无颜受贺，况军书交驰，邪氛未靖，尚有何心宴乐乎!”尽管直至他临终的前一年(嘉庆二十四年)，还在大臣的奏折中朱批道：“有天良之大臣，永不忘十八年之变。丧尽天良之辈，早已付之云烟之外!”但这又有什么用呢?
天理教起义的原因，嘉庆当然知道，从他干脆利落的措施就可以知道。但是，嘉庆又从中吸取教训了吗?没有!相反，嘉庆还荒唐地认为是皇宫里的树木坏了风水，下令把皇宫里的树木全部砍掉。后来的皇帝遵从祖训，也不再栽种树木，以致故宫里面少有古树。树有何错，原因在人心，不从根本上找原因，而是抱怨树木，好比医生认错了病症，按照错误的病症抓药，只能越来越糟。