1942年2月23日，当时笃信佛教的日军队长高森隆介在南京中华门外雨花台旁建神社时，无意中挖掘到地宫，并从中找到一只锦盒，里面密藏着唐僧顶骨。
对于中国人来讲，塔的身影是经常能见到的。塔在印度原本是一种坟冢。佛教创始人释迦牟尼去世后，弟子将他的遗体火化，留下一些粒状的小骨头，称为“舍利子”。佛教徒把这些遗物珍藏起来，在上面垒石建塔，围绕它顶礼膜拜。我国也有不少塔用来安葬高僧火化后的遗骨。唐长安城的兴教寺塔就是唐僧遗骨的埋葬地。
唐僧顶骨流落到南京的一种说法
唐僧俗名陈，法号玄奘。生于600年，13岁在洛阳净土寺出家，后到长安。公元627年，他只身离开长安，开始了西域之行。往返17年，行程5万里，从印度取回了经卷。回到长安后，又用20年的时间从事翻译工作。唐高宗麟德六年(664年)，唐僧圆寂。唐高宗惊悉，忧伤难抑，三天不上朝，认为大唐痛失国宝，他的遗骨本来安葬在长安东郊，由于唐高宗每日早朝都能看见唐僧墓地，悲伤难愈。三年后，大臣担心皇帝悲伤过度。于是在总章二年(公元669年)迁玄奘遗骨葬在少陵原，后在此处建大遍觉寺(唐中宗追授玄奘谥号“大遍觉”)，有《大唐三藏大遍觉法师塔铭并序》为证。唐肃宗亲笔在塔额上题写“兴教”两个字，所以寺也称为兴教寺。这里环境清幽，风光雅致。奔波一生的唐僧，看来从此可以真正安息了。但事实并非如此，在以后的1000多年中，这位高僧的遗骨还有历数不尽的劫难。
唐朝末年，大军阀朱温为了把政治中心转移到自己盘踞的洛阳，下令挨家挨户把长安所有建筑物都拆掉，历史名城长安被彻底毁灭。在这次劫难中，兴教寺的唐僧塔也不能幸免。由于有的僧人抢出了唐僧的部分遗骨，分散保藏，才使这位高僧的遗物没有在世界上彻底消失。
100多年后，又有人想起唐僧。宋朝仁宗年间，南京天禧寺有位叫可政的和尚到了陕西终南山紫阁寺，得到了唐僧的头顶骨，迎回南京。并在天禧寺东岗，建了一座石塔，把唐僧的头顶骨安葬在塔下。消息传开，前来朝拜的信徒络绎不绝。到了明朝，兴建大报恩寺，又在后山土堆上修了座三藏墓塔。可是到清朝末年，寺和塔一起被毁。那时，满清政府风雨飘摇，内忧外患弄得民不聊生，佛门清净之地也常遭兵火，人们好像不再热心过问唐僧的遗骨了。供奉玄奘顶骨的大报恩寺在清末毁于战火后，玄奘顶骨便一直不知所踪。
日军挖掘出玄奘遗骨的一种版本
1937年12月，南京被日寇占领。1942年2月23日，当时笃信佛教的日军队长高森隆介在南京中华门外雨花台旁建神社时，无意中挖掘到地宫，并从中找到一只锦盒，里面密藏着唐僧顶骨。消息在《申报》上公布：“日本高森部队于南京中华门外建筑稻垣神社时，发现报恩寺旧址内埋有玄奘法师遗骨及佛像铜匣等，并有宋天圣五年和明洪武十九年两部葬志。”在挖掘地发现的石函内，有众多佛像、佛器及珠宝，石函两侧刻有记载唐僧顶骨迁移的渊源文字，与文献所记载一模一样。石函一侧有铭文：“大唐三藏大遍觉法师玄奘顶骨，早因唐末战乱废塔，今长干演化大师可政于长安传得，于此葬之。天圣丁卯二月五日同缘弟子唐文遇、弟文德、文庆、弟子丁洪审、弟子刘文进、弟子张霭。”另一侧的铭文为：“玄奘法师顶骨塔，初在天禧寺之东岗，大明洪武十九年受菩萨戒弟子广福……普觉迁于寺之南岗三塔之上……”这些在《建康志》、《新金陵志》上都有记载。人们这才确信，锦盒里保存的真的是唐僧顶骨。石函出土后，陪葬品被哄抢一空，日寇将唐僧顶骨打碎成多份掠至日本。南京市民读了《申报》，一时群情激愤，议论纷纷，要求汪精卫伪政府出面干预此事。唐僧顶骨重现于世，却又落入日本人手里，国内要求归还的呼声日益高涨。上世纪40年代初，经汪伪政府交涉，日方私自留下其中1份，剩下的归还中国。
此时，日军在太平洋战争中屡屡失利，已开始走下坡路。汪精卫正为自己的前途而惴惴不安，想利用此事来笼络佛教徒，就派白隆平和日军交涉。谈来说去，日本人勉强答应把头骨分为两半，一半掌握在日本人手里，另一半交给汪伪政府。汪精卫得到头骨后，就装腔作势地派汉奸诸民谊在南京九华山(不是“四大佛山”之一的安徽九华山)上建了一座三藏塔，把半块头顶骨安葬在塔下。至于另外半块头骨的下落，则有几种不同的说法。一种说法是：日军原打算将另外半块头顶骨送走，但不久战败投降，慌乱撤退时把它给忘了。抗战胜利后，由国民党中央博物院筹备处接收。解放后，先放在南京佛教协会，后来收藏在灵谷寺玄奘法师纪念堂里。另一种说法是：半块头顶骨已经被运到日本，1956年送到了台湾，如今在台湾日月潭玄奘寺三藏塔中供奉着。而还有一种说法是，唐僧顶骨在我国还有多份，西安、广州、天津、北京、南京、成都等地近年都有消息传出。
最新记载：日军随军记者亲见被劫到日本的唐僧舍利
而据文献记载，1955年，以郭沫若为团长的文化访问团出访印度，将天津的那份顶骨送给了印度，至今供奉在印度那烂陀寺;日本私自留下的1份顶骨，后来分成3份。在1953年秋天，由章嘉大师、印顺老法师及李天春居士向日本争取，其中1份才归至台湾日月潭修建的玄奘寺供奉。日本留下的两份分别供奉在奈良市的药师寺和琦玉县的慈恩寺。
在刚刚由中共党史出版社出版的《日军侵华罪行纪实1931———1945》中有一段记载：“日军在南京郊外建飞机场时，铲掉了一座荧光闪闪的古坟，发现其中竟有唐玄奘的舍利。侵略者借口‘弘扬东亚佛教’，竟将部分唐僧舍利盗往日本，藏在琦玉县那座与中国西安同名的慈恩寺中。在藏入该寺前，日本浪人水野梅晓又将其中一部分偷偷装入瓶中，带回家中，日本随军记者小俣行男，战后还在平沼府上的一间屋中看到大批舍利，同时还看到大批中国珍贵书籍，‘10张榻榻米大小的室内满满一层的贵重书籍。据说，这一件件都是宋唐的书’”小俣行男1912年出生于日本山梨县大月市，1936年入《读卖新闻》，1938———1942年以该社随军记者身份亲历战争。1982年出版《侵略———中国战线随军记者的证言》。《证言》一书主要揭露日军南京大屠杀等令人毛骨悚然和满腔愤怒的血腥暴行：“我所亲睹的战场情景却是烧房、毁城、杀人、被杀、抢粮等一幅幅地狱图。侵略战争以凄惨的悲剧告终。”
小俣似乎提前在对日本政界、史学界右翼否认南京大屠杀的谬论进行批判：而这一段记载，可堪称日军盗窃唐僧头顶骨的证言。