1937年9月10日，正式打响大清洗第一役，当晚蒙古人民革命党高层65名干部被捕，包括中央委员会成员、大呼拉尔(相当于议会)成员、部长会议成员、军队高层全部将领……
内务部在苏联专家教导下，对这65人实施“坐火椅、拔指甲、扯光头发”等酷刑，扒光衣服，严禁睡觉，不准吃饭，直到在伪造的“招供状”上签字为止。根据苏联历次清洗经验，这些人最后都毫无例外地“承认”了自己参与反革命集团，并供出更多“同伙”名单。
大清洗第一场胜仗抓出了“根登—德米德反革命间谍集团”，又根据他们的“口供”，揪出更多的人，蒙古军队的规模本来就小，军队旅以上有187名将领被捕;51个中央委员会成员有36个被枪决。有1000多名军人为了避免被杀，主动“承认”自己的“反革命罪”，最初只有几个人得到赦免，以后绝大部分仍被枪毙。
门德是首批被逮捕的65人中的知识分子，他为了保命，把所有认识的熟人全咬成了“同谋”，他因“戴罪立功”得到了较好的关照，但1941年大清洗过后他仍被送到莫斯科处死。
工业联合会的主席普热夫，一个拥有一颗“红心”的干部，也是首批被逮捕的人，他对着行刑队大喊：“我承认我犯了罪，但是我愿意招供罪状更大的人”，死刑得以延期，普热夫又供出了无数的“同谋”，类似的案例在大清洗中数不胜数。在酷刑和死亡威胁下，极少有人不“认罪”不“咬人”。
蒙古军中威望仅次于苏赫巴托的德米德在押送到苏联途中离奇死亡，不仅他的父亲和兄弟遭处决，连怀孕的妻子娜察亦被杀死。
针对宗教界的大清洗同时展开，规模更为庞大和血腥，手段更为粗暴野蛮。内务部抓“喇嘛反革命集团”的逻辑是，如果你是学生，那么你的老师肯定就是同谋，若你是老师，你的学生亦同谋，宗教界师生关系盘根错节，所有僧侣皆可被打成反革命。
前来指导大清洗的苏联总顾问格鲁伯奇克1938年8月向斯大林报告：“到7月20日，771座寺院已有615个变成废墟，仍在运转的仅有26座，8.5万名喇嘛仅留下17338人，这些人还未逮捕，对中高层喇嘛我们将在下一阶段战役中全部解决。”
大清洗期间两个特殊机构凌驾于一切党纪国法和党政军机构之上，一个是非常委员会，作为最高军事法院;一个是特别委员会，是最高法院。至1939年4月，两个委员会卷宗显示，共判处29198人为反革命罪，其中仅非常委员会查办的25785个政治案件，已作出判决的卷宗显示，20099人被处决，5739人投入监狱。
宗教界的清洗，按标准定额，每个肃反人员一天办10个案子，超额完成者有奖。一个叫班扎拉格奇的肃反人员在摧毁一个寺庙的过程中，平均每天办案60个，成为“先进工作者”;另一位叫巴雅尔马格奈的肃反人员因一周办几百个案子，获得北极星勋章(蒙古给军功卓著者的奖励)。
内务部成员卢瓦桑萨姆丹1962年回忆，由于逮捕的僧侣太多，导致监狱拥挤不堪，每周会有一两次集体处决，每次用卡车一车车拉出去。
十月革命后，有很多哈萨克人、布里亚特蒙古人、塔塔尔人从苏俄逃入蒙古，斯大林对这些人怀恨在心，认为他们“逃避革命”，那也是另一种“反革命罪”，他下令乔巴山对他们实行清洗。蒙古2.1万哈萨克斯坦人被消灭了2000人;140个塔塔尔人只剩下4个;来自中国内蒙的汉蒙两族人士几乎未留下一个活口，其中还有内蒙人民革命党的成员。
处决“反革命”干部群众时，内务部强制党政军成员去观看，乔巴山表情木然，老实忠厚的总理阿玛尔脸上常挂着眼泪，这一切被“苏联专家”看到眼里。伏罗希洛夫向大清洗中乔巴山的副手，中央委员会书记——鲁布桑札布授意：得除掉阿玛尔。
阿玛尔已是蒙古高层剩下的最后一两个有声望的人，所以斯大林才在根登之后让他当总理装点门面，苏联专家们可以藏在“阿玛尔政府”幌子后面作恶。因此搞掉阿玛尔之前，莫斯科授意先发起宣传攻势弄臭他。
1939年3月阿玛尔以“反革命集团庇护者”等罪名遭逮捕，被押送到苏联“审判”，关押期间，苏联内务人民委员给他用尽了各种“非人酷刑”。1941年7月10日，特意选在了人民革命党建党日，宣布阿玛尔死刑。与阿玛尔一同被逮捕，送到苏联处决的还有蒙古当时的国家元首，创党元老，大呼拉尔主席团主席多格桑木。有趣的是，阿玛尔生命最后一段时光里，在狱中碰到了把他清洗掉的鲁布桑札布，但这次，鲁布桑札布不是来审问他的，而是与他成了狱友。
大清洗中到底有多少人被处决，现在难以得到精准数字。这种罪恶的事斯大林也认为见不得人，不会留下详细的“历史罪证”，当时亦不允许报道和研究，历史学者目前常引用的数字是3.6万至5万左右，但研究者认为3.6万这一数字远远被低估。
1939年末，乔巴山在笔记本里记下了这样一段工作总结：“到11月，共处决喇嘛20356人，600名是高级喇嘛，3174名是中级喇嘛，13120名是低级喇嘛，摧毁797座寺庙;在1937年和1939年之间，逮捕了56938人，其中20396被处决，被逮捕的人中有17335人是喇嘛”。(注：乔巴山的数字比苏联顾问的要高)
蒙古作为游牧社会，寺庙是少有的固定建筑，797座寺庙包含超过6000多栋古建筑，每座寺庙还是周边地区的经济、文化、教育中心，数百年所积累下的书籍、卷册、艺术品毁灭殆尽，寺庙的金银器皿被苏联搜刮而去，仅有首都乌兰巴托的甘丹寺被留存，但一直被关闭。
在“美丽的蒙古大地”，有独立思想的知识分子被一扫而光，党政军和宗教界著名人物亦被杀戮殆尽，传统文化遭到毁灭性打击，经济亦完全被苏联所控制。
1941年莫斯科迫使蒙古放弃以维吾尔字母书写的老蒙文，改用以斯拉夫字母书写的新蒙文，对成吉思汗和蒙古历史的歌颂与崇拜亦在被禁之列。到30年代末，蒙古与苏联之间的贸易状况彻底颠倒过来，向苏联出口货物仅650万卢布，从苏联进口的产品达7500万卢布。
二战时蒙古对“兄弟般情谊”的苏联发起了“只求贡献不求回报”支援运动，向苏联捐助的金钱和物资远远超过自身承受能力，1942年开始，向苏联捐助羊皮衣服3万件，食品600吨，现金10万美元，黄金300公斤，坦克54辆(其中有32辆T-34坦克)，同时低价出售给苏联48.5万只马匹，另无偿赠送3.2万匹。
蒙古真正需要的是苏联的面粉、玉米、盐等产品，但苏联始终为食物匮乏所困扰，为了不给“友邦”添麻烦，蒙古又发起“自给自足”运动。经过多轮清洗，蒙古已不存在抗拒集体化的力量，1947年公社化运动全面完成，牧民的牲畜全部收归“国有”。多年后“纠左”，有了点通融，仅允许戈壁地区和杭爱以北地区，每个公社成员可保有50头羊。
蒙古不仅直接派兵参加苏军作战，还强令国民前往苏联服劳役，二战时一直按斯大林要求保持着8至10万军力，尽职尽责扮演好了“缓冲国”角色。斯大林两次干涉中国新疆事务时，蒙古又成为他从事国际地缘政治讹诈的马前卒。
1944年，斯大林在新疆的伊犁、塔城和阿勒泰发起“东突厥斯坦独立运动”，即斥责了顾忌中国抗议、畏首畏尾的乔巴山，勒令他立即向“东突”送去武器。乔巴山随后命令苏赫巴托的儿子噶尔桑率军把200支步枪、230挺机枪和6挺重机枪、2000枚手榴弹、40万发子弹送到新疆交付给叛军头领乌斯满手，由于这批武器和苏联空军的支持，中国军队平叛失利(注：乌斯满后来又归顺中国国民政府，与苏联和蒙古作战)。
连蒙古领袖“小斯大林”——乔巴山的接班人也是斯大林隔代指定的“泽登巴尔”，老早就指示乔巴山好好栽培。娶了苏联妻子的泽登巴尔虽受斯大林青睐，乔巴山未曾想到，赫鲁晓夫发起“反斯大林运动”，泽登巴尔立马响应莫斯科指挥棒，在蒙古发起“反乔巴山运动”。
苏式政治经济体制在蒙古全面确立，把母体的一切弊病全部遗传过来，蒙古长期经济体制僵化，生产效率低下，物资匮乏，到20世纪80年代，商店里除了白酒和蜡烛，空空如也。男人们也像苏联一样，沾染上懒惰、酗酒的恶习。民主化前的人民革命党中央第二书记包尔德巴特尔说，尽管人民长期被物资匮乏的所折磨，但有3000个高干家庭像苏联特权阶层一样，可以享受特供，过着优裕的生活。