秦始皇死前是否留下遗诏，司马迁在《史记•秦始皇本纪》和《李斯列传》中都说有，按说不应该质疑。
《秦始皇本纪》：“上病益甚，乃为玺书赐公子扶苏曰：‘与丧会咸阳而葬。’书已封，在中车府令赵高行符玺事所，未授使者。”
《李斯列传》：“始皇帝至沙丘，病甚，令赵高为书赐公子扶苏曰：‘以兵属蒙恬，与丧会咸阳而葬。’书已封，未授使者，始皇崩。”
然而未必，这种密谋的事情，如果史书中没有记载着可靠的、可信的消息来源，其实都是值得怀疑的。道听途说，想当然演绎的可能性不能排除。考察《史记》的文字，证明有遗诏的证据没有，而否定它的证据却很充分：
否定证据一，如果秦始皇临死前命赵高写有遗诏，也只会有李斯、胡亥、赵高和几个秦始皇亲信的太监知道。一旦李斯同意篡改遗诏改立胡亥，三人要做的第一件事就是立刻销毁真诏书，杀掉那几个知情的太监，在这方面李斯、赵高和胡亥是不会手软的，他们后来的作为可以证明。那么，谁走漏了风声？谁敢走漏风声？
司马迁不可能见到真遗诏的原件，也不可能采访到事件的参与者，他在《史记》中写下“乃为玺书赐公子扶苏曰：‘与丧会咸阳而葬。’书已封，在中车府令赵高行符玺事所，未授使者”，不过是道听途说而已。
否定证据二：如果真有遗诏立扶苏，而胡亥篡位又诛杀扶苏、蒙恬，以及自己的20多个兄长，李斯又是同谋，那后来赵高、胡亥想杀李斯的时候，就不应该那么拖泥带水。赵高先是栽赃李斯的儿子三川郡守李由通匪，后又设计挑拨李斯和胡亥的关系，然后又把李斯下狱反复施酷刑审讯，最后还在闹市公开处决李斯。在这个漫长的环节中，只要李斯一怒之下鱼死网破说出沙丘有遗诏，胡亥是篡位，秦始皇还有弟弟子婴等人在。这些人是胡亥的叔父，又在朝廷享有号召力，胡亥、赵高岂不自己找死？后来子婴处决赵高的干净利落，可以为证。
所以，如果真有沙丘遗诏，赵高只要悄悄地对胡亥说，李斯心存不满，曾以公开沙丘真相威胁，这就足以使胡亥下决心除掉李斯了。而如果胡亥和赵高有一人担心李斯泄露沙丘遗诏，都会不择手段地秘密除掉李斯。不会愚蠢地公开审讯，公开处决。
否定证据三：如果真有遗诏，而李斯碍于名声不敢公开事实真相，那么到了被判残酷的五刑处死，一家人就要被满门抄斩夷灭三族的时候，李斯不应该再有任何顾忌了。无论是出于被出卖的仇恨，还是出于对秦始皇的愧疚，抑或对江山社稷的担忧，李斯都应该，也必然会说出真相。如此一来，一场宫廷政变就可以除掉胡亥、赵高，就可以挽救秦始皇和李斯自己辛苦一生创建的大秦帝国。如此一来，李斯也可以得到良心的安宁。可是，即使是到了被绑缚刑场的最后时刻，李斯竟然还没有一句对小人、仇人、忘恩负义之人的唾骂，竟然没有喊出一声垂死的“冤枉”！
《史记•李斯列传》记载：“二世二年（公元前208年）七月，李斯被判处五刑，在咸阳街市上腰斩。李斯出狱时，跟他的次子一同被押解，他回头对次子说：‘我想和你再牵着黄狗一同出上蔡东门去打猎追逐狡兔，又怎能办得到呢！’于是父子二人相对痛哭。随后，李斯连同三族家人都被处死了。”
这么悲悲切切，太不合情理！
否定证据四，《史记•蒙恬列传》没有秦始皇遗诏的记载。
《蒙恬列传》是这么描述沙丘事变的：“秦始皇至沙丘驾崩，这件事被秘密地掩盖下来，群臣都不知道。当时丞相李斯、公子胡亥、中车府令赵高经常伴随左右。赵高受宠于胡亥，想要立胡亥，同时赵高又怨恨蒙恬的弟弟蒙毅曾经依法制裁过他，于是与丞相李斯、公子胡亥密谋，立胡亥为太子。”（始皇至沙丘崩，秘之，群臣莫知。是时丞相李斯、公子胡亥、中车府令赵高常从。高雅得幸于胡亥，欲立之，又怨蒙毅法治之而不为已也，因有贼心，迺与丞相李斯、公子胡亥阴谋，立胡亥为太子）
上述文字与《秦始皇本纪》《李斯列传》有诸多重复，然而就是没有最重要的秦始皇遗诏。
蒙恬是沙丘阴谋的最大受害者之一，秦始皇有没有遗诏直接关系到蒙恬是否是冤死。如果有遗诏，赵高篡改，则蒙恬属于冤死。如果没有，扶苏又不是太子，现在丞相李斯等人做主立了胡亥，胡亥下诏赐死蒙恬，则属于君让臣死，臣不得不死。
然而，对蒙恬如此重要的证据，恰恰《蒙恬列传》中没有，不合情理。
根据“程步读史原则”，笔者采信被诸多事实证明的结论：秦始皇没有留下遗诏。
当秦始皇到达平原津病重之时，由于不相信自己会就此撒手，群臣又不敢劝谏秦始皇考虑身后之事（始皇恶言死，群臣莫敢言死事），所以，秦始皇病逝前没有来得及留下诏书。《秦始皇本纪》和《李斯列传》中关于秦始皇遗诏的文字，不过是司马迁道听途说的文学创作而已。