《西游记》和《封神演义》于明代成书，里面的神仙系统基本上是根据道教、佛教的传说糅合改编的，其中，神佛体系基本上被玉皇大帝和佛祖牢牢统治着，这和我国最初的神话传说相去甚远。
封神所涉及的商代，人们奉若神灵的不是现在的玉皇大帝、王母娘娘、观音菩萨之类，而是天帝和玄鸟。春秋战国时期的楚国也有一套自己的神仙体系。最高贵的神明是太一神，司命负责掌管人的寿命，山神叫做山鬼，云神叫做云中君，风神叫飞伯……楚国崇尚巫术，因此众人心目中的神祇十分众多，连起来可以组成一支军队了。后来在我国的神话体系中，这些神不知怎么就湮灭无闻了。
最初时候，人成了鬼魂后并不能去投胎什么的，而是被集中在一个特定的地方，由神明统一管理。这个特定的地方就是度朔山的鬼门，天帝派神荼和郁垒在此镇守，控制鬼混的出入。后来，这份职能被阎罗王全权代理了，而神郁二人也由守鬼门变成了我们人类的门神。
在西游和封神盛行的明代，天帝已经被玉皇大帝所取代，那些远古的神祇都已经没落了。像是古代的大禹、帝啻等已经成为过去式，不在现在的这个神仙体系里占有任何地位，顶多被作为往事提及几句，例如三皇五帝就被编入后人所说的四御六御之中。以伏羲为代表的远古神祇和以玉皇大帝为代表的神祇之间存在着新旧差异，彼此之间基本上没什么联系。也有一些远古神被保留下来并纳入现在的这个神系中，西王母就是很典型的一个。西游中，远古神祇基本上只是作为布景，并没有实体出演这部新时代的神魔大剧。
西游中继承了许多前代传说，但在此基础上又有很大的变更。就拿孙悟空来说吧，他其实是我国南方的神灵，有一个哥哥是淮河的水怪，两人一个是齐天大圣，一个是水猿大圣，关系亲密，民间还有两人的合葬墓穴。而在西游中，这两只猴子完全没有关系了。而猪八戒，也就是以前的天河元帅，也是一个被歪曲的形象。原本的他是个厉害人物，但在西游中就变成了一个既懒又滑好好色的家伙。而被他调戏的广寒仙子，也算是老人了，她从西王母那里直接继承了玉兔和蟾蜍这两样宝贝，所以地位应该是极高的。但是西游中好像并没有将她塑造得多么厉害，在被调戏时只能狼狈地东躲西藏。这一变化也能体现出男尊女卑的思想对神话的影响，女神的力量明显被削弱，之前的女娲造人也早已被抛在脑后了。唯一能够与强悍稍微沾一点边的就是观音菩萨了，可惜她只算半个女神。
龙与凤一直在远古神话中地位颇高，但到了以西游为代表的神魔小说所处的时代，这二者的地位明显下降，而且越来越世俗化。神话体系中，原本身为王者的龙已经变成了专管施雨的海神。中国原本是有正儿八经的海神的，结果不仅没被人记住，连自己居住的北海都变成了北海龙王的天下。其实龙王在古代也占有十分重要的地位，如果没有充足的雨水，庄稼就不能获收，那么身处小农经济的百姓们可要遭殃了。而在民间传说中，龙的形象已不再是完全积极的了。一开始的时候，在八仙的传说中，吕洞宾和黄龙禅师原本旗鼓相当，分别代表着道教和佛教的较强力量。后来，崇尚佛教的人将故事改成了黄要度化吕，结果道教的支持者们就不开心了，于是又将黄描绘成了一只妖龙，而且还对白牡丹心怀不轨。而吕洞宾呢，英勇无比地打败了妖龙，赢美人在怀。要说龙的处境在西游时代堪忧，那么凤凰就更可怜了。虽然佛教有个孔雀明王为凤凰所生，但这个凤凰已经不是我们古代原汁原味的凤凰了。要知道在远古，凤凰指代的是太阳神，而非其他。
啰啰嗦嗦了一大堆，其实笔者就想说明一个问题，那就是神仙之内其实也和人间一样，存在着兼并和斗争。旧神被打败，新神上位，并且不断兼并周围那些影响较大的散仙，招安不了的就消灭。
孙悟空就是一个典型例子，当他在下界威胁到天宫的统治秩序的时候，就会被天宫用各种手段收拾，最后还得归入到正统的神系中来。其实这些神祇的演变也是民间各种思想斗争的结果，因为思想的日新月异，于有不断地有新神被加入进来。如关公、徐福、葛洪等。民间各种宗教的此消彼长和封建正统思想和废立是我国神话变更的主要动力，虽然神祇们看似更新换代、斗争激烈，其实不都是人在捣鬼吗？