日本佛教的肉身舍利很有特点，它不像埃及的木乃伊，死后将内脏等都去除，然后涂抹防腐剂;也不像中国的汉代古墓，用木炭、石灰等特殊材料保护棺椁;日本古代僧人的肉身舍利，大脑、内脏俱全，死亡后只在一般泥土墓穴中，没有像马王堆汉墓那样的复杂处理;也没有严寒、干热地区的特殊条件。它就是一个人死后，身体没有腐烂，在自然条件下保存了好几百年。这样的僧人肉身舍利，目前在日本有四具。
日本这四具肉身舍利出自日本的一个佛教宗派，真言宗。真言宗的创始人空海大师，1000多年前来到中国。在中国学习了一段时间后，空海回到了日本，创立了真言宗。空海大师回日本之后，最为特别的一件事情，就是设计了一套成为肉身舍利的苦修方法。这套苦修方法，前后共需十年时间。
立志修成肉身舍利的僧人，要完成三个步骤。第一个阶段大约三年多，这一阶段的主要内容是主动挨饿。我们知道，僧人都吃素，然而，立志成为肉身舍利的僧人，连五谷杂粮都不能吃。在这第一个阶段，他们只能吃松针，以及森林里自然长成的坚果和种子。也许松子还比较好吃，但三年多的时间全部吃这个，也是一件令人生畏的事情。在这个阶段，苦修者还必须每天锻炼。两者的共同目的是，让身体里的脂肪大量消耗掉，肌肉也减少到最低限度。
第二个阶段同样延续三年多。在这一阶段，连松子和松针都不能吃，只能吃松树皮和树根，不知道谁能受得了。这一阶段的苦修僧人，以长期打坐代替了锻炼。目的是将身体的新陈代谢降到最低，减少能量消耗，以适应松树皮、树根之类的几乎没有营养的食物。这类苦修，几乎使每个人都变得骨瘦如柴。其实，这是一种慢性自杀，它不同于绝食。绝食会导致人突然死亡，但是，长期挨饿，逐步加大挨饿程度的苦修方式，为日后成为肉身舍利，创造了先决条件。最大限度地减少肌肉和脂肪，就等于减少了死后尸体腐烂的可能性。