建武六年(公元30年)光武帝下诏令司隶州牧各实所部，省减吏员，县国不足置长吏可合并者，上大司徒、大司空二府。于是“条奏并有四百余县，吏职省减，十置其一”。同时，废除西汉时的地方兵制，撤销内地各郡的地方兵，裁撤郡都尉之职，也取消了郡内每年征兵训练时的都试，地方防务改由招募而来的职业军队担任。但是，到了东汉后期，州牧刺史逐渐权重，兼有军政财大权，地方兵力又逐渐兴起。
光武鉴于西汉后期吏治败坏、官僚奢侈腐化的积弊，即位以后，注意整顿吏治，躬行节俭，奖励廉洁，选拔贤能以为地方官吏;并对地方官吏严格要求，赏罚从严。因而经过整顿之后，官场风气为之一变。故《后汉书·循吏传》有“内外匪懈，百姓宽息”之誉。
释放奴婢、刑徒。自西汉后期以来，农民之沦为奴婢、刑徒者日益增多，成为西汉末年阶级矛盾日益尖锐化中的一个重要问题。王莽末年，不少的奴婢、刑徒参加起义;同时在一些割据势力的军队中也有不少的奴婢、刑徒。光武帝在重建刘汉封建政权中，为了瓦解敌军，壮大自己的力量，也为了安定社会秩序，缓和阶级矛盾，曾多次下诏释放奴婢，并规定凡虐待杀伤奴婢者皆处罪。诏令免奴婢为庶人的范围，主要是，王莽代汉期间吏民被非法没收为奴的，或因贫困嫁妻卖子被卖为奴婢的;在王莽末年因饥荒或战乱被卖为奴婢的;在战乱中被掠为人下妻的。除此之外，还规定禁止任意杀伤奴婢以及废除“奴婢射伤人弃市律”，说明奴婢的身份地位比过去有所提高。同时，在省减刑罚的诏令中，还多次宣布释放刑徒，即“见徒免为庶民”。
实行度田政策。东汉政权本是在豪强势力支持下建立起来的。但豪强势力的发展，土地兼并的逐渐严重，既威胁皇权，也影响百姓生活，以及为了加强朝廷对全国垦田和劳动人手的控制，平均赋税徭役负担，于建武十五年(公元39年)下诏“州郡检核垦田顷亩及户口年纪，又考察二千石长吏阿枉不平者。”就是令各郡县丈量土地，核实户口，作为纠正垦田、人口和赋税的根据。诏下之后，遇到豪强势力的抵制。
鉴于王莽的教训，汉光武帝光武帝，一改汉武帝以来对少数民族的征服和王莽的大民族主义，从休养生息的总方针出发，确定了自己的一套民族政策，从而为东汉王朝经济的恢复和发展提供了一个和平的外部环境。比如实行“逸政”安边，不妄开战端;着眼于合作发展，实施扶持政策;试行“以边制边”，采取“自治”政策等。从主流上看，光武帝对周边少数民族采取的是友好、友善、自治、互助的的政策，属于以德治边。这些政策成功地缓和了民族矛盾，避免了大规模的战争。通都大邑商业繁荣，商人的足迹远至西域和国外。