提起秦始皇，人们就会想起“焚书坑儒”这一典故，但是秦始皇到底有没有“坑儒”呢?
秦始皇统一六国以后，采取了一系列的措施，以便加强中央集权。在完成政治上的诸多加强控制的举措之后，秦始皇便开始了精神上的控制。公元前213年，秦始皇在咸阳宫为群臣及众多的儒生大排酒宴。在宴会上，围绕着是否实行分封制，众多儒生之间发生了激烈的争论。丞相王绾、博士生淳于越等人主张实行分封，而丞相李斯等则赞同郡县制，并指责淳于越等中通融贷“不师今而学古”，“道古以害今”。最后秦始皇支持李斯的观点，并采用、实施李斯的“焚书”建议，下令：除了秦纪(秦国史书)、医药、卜筮、农书以及国家博士所藏《诗》、《书》、百家语以外，凡列国史籍、私人所藏的儒家作品、诸子百家著作和其他典籍，统统按时交官焚毁。同时，禁止谈及《诗》、《书》和“以古非今”，违者定当严惩乃至判其死罪。百姓如想学一些法令，可拜官吏为师。从这一点来看，焚书的举动秦始皇肯定做过。
秦始皇称帝以后，力求长生不老，迷恋仙道，不惜动用重金，先后派徐福、韩众、侯生、卢生等人寻求仙药。侯生与卢生当初是秦始皇身边的方士，由于长期为秦始皇求仙人和仙药，却始终没有找到，而心急如焚，忐忑不安。依照秦国的法律，求不到仙药就会被处死。因此他们深发感慨：像这样靠凶狠残暴而建立威势并且贪婪权势的人，不值得给他求仙药。于是，侯生、卢生悄悄地远走他乡。
这件事使秦始皇十分恼怒，于是他下令，对所有在咸阳的方士进行审查讯问，欲查出造谣惑众的侯生、卢生两人。方士们为保全自己的性命，只得相互告发，秦始皇最后把圈定的460余人，都在咸阳挖坑活埋。
秦始皇的“坑儒”是“焚书”的继续。至于坑杀的人究竟是方士还是儒生，学术界各持己见。从分析“坑儒”事件的起因看，秦始皇所坑杀的人应该是方士；但从长子扶苏的进谏“众儒生都学习孔子的学说”来看，秦始皇所坑杀的又好像是儒生。
而且东汉卫宏在《诏定古文官书序》中记载，秦始皇在骊山温谷挖坑用以种瓜，以冬季瓜熟的奇异现象为由，诱惑博士诸生集于骊山观看。当众儒生争论不休、各抒己见时，秦始皇趁机下令秘杀填土而埋之，七百多名儒生全部被活埋在山谷里。于是有人便根据这一点而偏向于传统的说法，认为秦始皇确实有过“坑儒”的行为。
但有人研究诸史籍，认为“焚书”有之，“坑儒”则无，实是“坑方士”之讹。“坑方士”事见始皇三十五年，因为侯、卢二人求仙药不成，他们惧“秦法不得兼方，不验辄死”，骂了秦始皇一番后逃走。既然事端由方士引起，那么就只能是“坑方士”，当然不能说被杀的四百六十余人中没有儒生，而全是方士，但是由其代表人物可推知，被杀的主体应该是方士，而被杀的原因更与儒家的政治主张和学派观点无关。所以即使被杀者有儒生，也并非因其为儒生而得罪，总是与方士们有某种牵连之故。因此绝无理由说秦始皇“坑儒”。尽管秦始皇早因“坑儒”之举背上千古骂名，然而，直到今天，秦始皇究竟有没有“坑儒”这一谜团还是没有解开。