明太祖定都集庆，改为应天府府。明朝建国是以应天府为京师（而不是叫南京），在京师的基础上才叫汴梁为北京。朱棣篡位后改北平为顺天府，北京行在，这时候应天府依然叫做京师；直到正式下诏书迁都顺天府之后，北京行在后改为京师，而原来的京师应天府则改称南京，这才是南京的出现，至此明朝确定了两京制的格局。
当然在很长一段时间内，北京和南京的地位都有些尴尬，北京是一直被称为“行在”，即皇帝率文武百官驻扎的临时首都。而南京身为名义上的都城，却自明成祖以后就没有皇帝回去长时间驻扎办公。也就是明成祖的儿子明仁宗在位时期想迁回南京，不过这位仁宗皇帝在位仅仅十个月而已，所以没来得及付诸行动就驾崩了。
可以说留都南京的中央机构，就是明朝朝廷的备份。那么这两套的中央机构有何不同呢，认真来说南京的中央机构是象征意义大于实际意义。毕竟皇帝在北京，因此真正的决策权出自北京的中央机构。而南京没有皇帝这个主心骨，所谓的中央机构也名不符实。所以就实权来说，北京有决策权，南京没有，权力划分很清楚，因此两者之间并没有什么冲突。
多京城制或者两京制度确实不是明朝特有，但是明朝特有的是南北双京都有中央行政机构，就是从隋朝传下来的三省六部：中书省，尚书省，门下省；礼部，吏部，户部，工部，兵部，刑部。所以实际上明朝是唯一一个真正有两个首都的朝代，而不是其中某个京城是陪都。南京六部一方面负责南直隶，浙江，江西，湖广税银的押解，一方面负责造黄册放在玄武湖，就造黄册打回重造收手续费这一条就能赚的盆满钵满。
南京六部拥有实权，南直隶相当于现在苏皖沪三个省级单位，同时由于南京的特殊性，还要兼管一些南方省份的事务。南直隶是没有三司的，南京六部虽然没有北京的大，但是也有一定的权力，否则其他省份的三司岂不是摆设。刑部相当于按察使司，兵部还要管南直隶以及三军都督府，吏部负责南直隶以及南方省份的官吏，户部就不用说了，南方财政是重中之重，哪怕是礼部也有负责明孝陵以及南京庙宇的祭祀，以及重要的南直隶与南方省份的科举教育，一些礼节性的确是闲职，但是毕竟明孝陵明祖陵（凤阳也在南直隶）在那，总不能搬了吧。光管理南直隶各地，这权力就不小了。
南京六部有一个很大的作用，就是作为升迁和贬谪的跳板，一般入阁要加六部衔，出身翰林，至少要在一部当过正印，一般是礼部，所以说礼部就是入阁的阶梯。问题是六部就六个正印，哪里来的位置给那么多资历不够的人刷政绩？这个时候一般就会迁南京六部尚书或者左侍郎，然后等京城六部出缺就能直接同级递补或越级递补。
要是当了南京礼部的正堂，基本就是北京礼部出缺的第一梯队继承人了，当年严嵩被夏言提拔就是走的这个流程，在南京礼部锻炼，然后直入中枢当部堂。南京六部还有一个作用就是给政治斗争失败的人作为养老院，毕竟北京的确可不是那么容易等的。明代高度集权，实际上所谓“中央机构”都是向皇帝负责，无论是司礼监还是内阁也都是围着皇帝转的，无论是南京六部还是北京六部，任何工作都要经过内阁司礼监和皇帝才能获批，所以南北六部毫无冲突。