一九六六年， 文化大革命 爆发，全国到处都在 破四旧 ，康有为的墓也惨遭破坏。
据从小就生活在凤凰山下的黄佳良老人回忆:一九六六年八月，青岛市某中学的 红卫兵 打着红旗，高喊着 破四旧，立四新 等口号，来挖康有为墓。他亲眼看到，被挖开的墓里，有一个照壁似的石头墙壁，高约一点五米，上面有四块独立的石头，刻有 国学大师 四字，每个字上都涂了红漆。石壁上方的平面，镶嵌着十多根两米长的石条。石条之间咬合严密，几乎不留缝隙，当初康有为棺椁就是由此处缒下去的。在石拱门前镶嵌着一块拱形石碑，高约八十厘米，厚约三十五厘米，黑色。
学生将此碑左上角砸掉，钻了进去，整座墓穴才被打开。康有为棺材木头为红松，约四厘米厚，带有搬动用的扶手。棺材被砸碎后，便露出康有为的尸骨。学生们从墓中拿出一串珠子，一把金锁。据说这把金锁是美国华侨送的，正面刻着 先天下之忧而忧 ，背面刻着 国学大师 。康有为左右手中均有一枚金币，一枚为日本金币，另一枚为印度金币。还有一块玉佩。
康有为下葬时身穿中山装，但他的右脚边有一堆蟒袍玉带和许多清朝服装。蟒袍玉带上的金丝随风飘舞，有的就缠在墓外的槐树上。墓穴里还有一块小石碑，上刻康有为四子三女的名字。学生将康有为的骨头扬了一地。当时，坟墓前还有一石头供桌，长约一点五米，厚约八十厘米，雕有四条腿。供桌的后面就是石碑。
还有一位叫王集钦的老先生，是青岛市博物馆的副研究员。他在 文革 中冒着被打成保皇派孝子贤孙的危险，保存了康有为的颅骨以及一些墓葬品。他回忆说，当年他的外婆带着他母亲与姨妈，曾在康有为的 天游园 中一间平房里借住了两年，因而他对康有为有感恩之心。
一九六六年八月，红卫兵 破四旧 ，康墓遭毁，康有为的头骨被 红卫兵 绑在棍子上，抬着**。为了保护康有为的头骨，他提出将头骨收到博物馆内，作为 造反有理 的实物进行展览，得到他们的许可。展览结束后，他秉承 白骨不能朝天 的古训，趁乱将康有为的颅骨及遗物收到一个木箱中，钉好并收藏了起来。一九八四年五月二十日，他把康有为的颅骨及遗物上缴给了文物管理委员会。