清同治三年(公元1864年)，中亚细亚的安集延(浩罕)国派将军阿古柏入侵新疆，攻占南路八城，不久之后又攻占北路的乌鲁木齐以及伊犁地区，并且在同治六年宣布，成立“哲德沙尔汗国”。公元1870年，为了达到永久占领新疆的目的，阿古柏又公开在新疆各地征收地税，命令汉回人民全部都遵照安集延人的风俗，“光顶圆领”，剪去发辫，改变服装，意味着新疆已经是安集延国的领地。此时沙俄也开始插手新疆事物，公元1871年7月上旬，俄军越过边境，侵占伊犁九城地区，“设官置戊，开路通商，晓示伊犁永归俄辖”，并且对清政府谎称“代为收复，权宜派兵驻守”。
就在此时，日本入侵台湾，西北边疆和东南海疆同时告急，引起了清廷一场关于海防与塞防之争。以李鸿章为代表的海防派，坚决主张放弃新疆。而以左宗棠为代表的塞防派，则坚决主张收复新疆。当时朝廷上下大多数的人几乎都支持李鸿章，只有大学士文祥和湖南巡抚王文韶等少数派支持左宗棠。然而，慈禧最后决定采纳左宗棠的建议，使得左宗棠率兵西征，两年之内就收复了新疆失地，并且正式在新疆建省，保持了祖国领土的完整，有效的防御了沙俄的侵略和扩张。
那么，慈禧为什么会支持左宗棠收复新疆呢？个人认为主要有两大原因：
首先是左宗棠的理由更充分，对于国家的安危，“东则海防，西则塞防，二者并重”，不得偏废其一。左宗棠的万言奏章现在读来仍然十分过瘾。以下摘录几段白话译文：
一、“新疆的面积很大.占全国土地面积的六分之一，非常重要。依我说，凡是祖国的领土，一寸土地也不能轻意让给外国人，不要说这六分之一的广大肥田沃土了。”
二、“有人说人家有洋枪洋饱，咱们打不过人家。我以为只要整军精武，严明纪律，精求枪炮，发扬敢打敢拼的传统.必然可以转弱为强.打败这两个劳师远征的敌人。”
三、“新疆与西北各省，乃是华夏整体中的一个组成部分，是不可分割的。一个人失去了四肢，他还能好好地生活么?也许李少荃(鸿章)不要四肢还可以活着……”(李鸿章曾比喻新疆是四肢，丧失了于元气无伤，而海防是心腹，丧失了会死。)
四、“李少荃说‘新疆各城自乾隆年间始归版图，。这种说法实在是数典忘祖!早在周、秦、汉、唐时代.已有西北，并有了隶属关系。纵观历朝各代，每当国家衰亡时，总是最先丢失西北，为了保住东南，结果导致全民族的灾难。因此，只有保住西北，才可控制东南;光想保住东南，不但保不住东南，势必最后连西北都失掉。”
五、“由于清高宗乾隆皇帝平定了西北叛乱，削平了准噶尔部，兼定了回部，并且开新疆，立军府第一系列措施之后，才使关内一百多年来‘无烽燧之警’，老百性过着安稳日子。这么巨大的功勋伟绩，李少荃却视而不见，不知是何居心?”
六、“新疆一百六十多万平方公里的土地，到处是土肥泉甘，物产殷阜，绝不是李少荃所说的‘数千里之旷地’。历朝历代，每当国家衰弱时刻，总会有一些目光短浅的人提出要放弃新疆这块宝地。当年乾隆皇帝出兵时，也有人反对，说是得不偿失，说什么，取之虽不劳，而守之或太费’。那时龚自珍曾痛斥这些人是‘浅见愚识’，是一些‘下里鄙生’，……”
另外、慈禧太后对“祖制”很清楚，清朝是以少数民族入主中原，吸取了明朝忽视周边少数民族最后才亡国的教训，一直非常注意在新疆、蒙古、西藏等地，搞怀柔、羁愫政策。新疆不安稳，会引起其他地区的连锁反应。而且这时台湾的危机已经解决。于是在公元1875年6月，慈禧太后任命左宗棠为钦差大臣，督办新疆军事政务，同时以沈葆桢、李鸿章分别督办南、北洋防务。左宗棠争取到了对新疆的兵权掌控，终于在1876年，率领六万征西大军浩浩荡荡地开向新疆。