在历史上，雍正皇帝开始讨厌年羹尧，主要在1724年(雍正二年)冬年羹尧第二次进京陛见为导火线的：在赴京途中，他令都统范时捷、直隶总督李维钧等跪道迎送;到京时，黄缰紫骝，郊迎的王公以下官员跪接，年羹尧安然坐在马上行过，看都不看一眼;王公大臣下马向他问候，他也只是点点头而已。
更有甚者，他在雍正皇帝面前，态度竟也十分骄横，“无人臣礼”;年羹尧进京不久，雍正皇帝奖赏军功，京中传言这是接受了年羹尧的请求;又说整治阿灵阿等人，也是听了年羹尧的话。这些话大大刺伤了雍正皇帝的自尊心。
年羹尧结束陛见回任后，接到了雍正皇帝的谕旨，上面有一段论述功臣保全名节的话：“凡人臣图功易，成功难;成功易，守功难;守功易，终功难。……若倚功 造过，必致反恩为仇，此从来人情常有者。”在这个朱谕中，雍正改变了过去嘉奖称赞的语调，警告年羹尧要慎重自持，此后年羹尧的处境便急转直下。
在历史上，雍正皇帝之所以最终杀掉年羹尧，其实与大臣们的态度关系不大。最主要是年羹尧的所作所为已经完全成为威胁皇权的最主要因素。这主要表现在以下几点：
第一，擅作威福。
年羹尧自恃功高，骄横跋扈之风日甚一日。他在官场往来中趾高气扬、盛气凌人，赠送给属下官员物件，“令北向叩头谢恩”;发给总督、将军的文书，本属平行公文，却擅称“令谕”，把同官视为下属;甚至蒙古扎萨克郡王额附阿宝见他，也要行跪拜礼。
对于朝廷派来的御前侍卫，理应优待，但年羹尧却把他们留在身边当作“前后导引，执鞭坠镫”的奴仆使用。按照清代的制度，凡上谕到达地方，地方大员必须迎诏，行三跪九叩大礼，跪请圣安，但雍正皇帝的恩诏两次到西宁，年羹尧竟然“不行宣读晓谕”。
更有甚者，他曾向雍正皇帝进呈其出资刻印的《陆宣公奏议》，雍正皇帝打算亲自撰写序言，尚未写出，年羹尧自己竟拟出一篇，并要雍正皇帝认可。年羹尧在雍正皇帝面前也行止失仪，“御前箕坐，无人臣礼”，雍正心中颇为不快。
还有一件离谱的事情，说是有一年的冬天，年羹尧将军出行，跟他同车的士兵都把手放在车把上面。大雪纷飞，年羹尧怕他们被冻僵。然后就说，去手。意思是你 把手拿下来得了。这些士兵就误会了。一听，去手?大将军让我们去手，遂拿起刀把手砍了。可见年羹尧的权威已经达到了无以复加的地步。所以这些士兵如此听他 的，这让雍正皇帝害怕。