古代青海在“唐以前为吐谷浑，唐末并入吐蕃，于是崇僧成俗”。明朝初时年“置西宁、河州诸卫，领以番酋，授以国师、禅师之号”。明朝中后期，青海成为蒙古土默特部所占，明朝末年崇祯年间被喀尔喀却图汗占领，但10年后和硕特部顾实汗进入青海。
复国之乱
清朝建立后，康熙皇帝平定准噶尔叛乱巩固了在青藏两地的统治。但康熙一死，雍正刚继位，青海就发生了一场反清的叛乱。这场叛乱实则是康熙分化蒙古在青海与西藏两地的势力而积聚的一场叛乱。
发动叛乱的主谋是罗卜藏丹津，此人是顾实汗的孙子，但不是嫡孙，罗卜藏丹津的父亲是顾实汗与一女仆所生。康熙皇帝平定准噶尔叛乱后，和硕特部归顺清朝，康熙皇帝就封顾实汗为和硕亲王，顾实汗死后，只有罗卜藏丹津的父亲达什巴图尔承袭继位，达什巴图尔死后，罗卜藏丹津承袭了亲王之位。但罗卜藏丹津的身份在青海各部落中不受承认，不过西藏有喇嘛却承认罗卜藏丹津的地位。
关于这场叛乱是早有预谋之乱，康熙皇帝知道和硕部在青藏的影响力，因此他在平定准噶尔之乱时，就准备分而治之，不让和硕部再次插手西藏事务。和硕部参与平乱有功，康熙也没有进行赏赐，并把青海分成各统治。罗卜藏丹津曾请示清朝恢复以前爵位，但没有得到批准。
1723年8月，康熙皇帝刚死不久，罗卜藏丹津认为这是一个大好时机，于是决定反清，他在察罕托罗海召集各部举行会盟，很多寺庙和尚及主持都来响应，他们认为清朝不讲信用，现在就缺少一个领头人。此时罗卜藏丹津一出来就有很多人响应，其中大喇嘛察罕诺门汗也参与叛乱。察罕诺门汗是蒙古贵族，非常有号召力，他的响应下，一时间叛军势力大增。共有17名台吉参与，他们拥立罗卜藏丹津为首领。
除了蒙古贵族参加叛乱外，寺庙喇嘛僧人也响应罗卜藏丹津的反清行动，据资料记载，汉时青海西宁寺庙都参与了叛乱。而青海的兴马寺、西脱、铁布、纳珠公寺、朝天堂、卓子山等地蒙、藏及土族也参与了叛乱，一时间叛乱分子达到20多万人。
罗卜藏丹津很兴奋，他没想到自己能招到这么多人，于是他率军开始攻占清朝在青海部署地，当时罗卜藏丹津的叛乱在陕、甘及凉、肃等地也受其影响，一时间清朝西部一场大战在际。
罗卜藏丹津这场叛乱实际就是想复兴祖宗的地盘及权力，大有一场“复国”之势。由于雍正皇帝刚继位，朝内有很多事情需要解决，因为雍正想以安抚解决这件事，但后来雍正一看并不是安抚就能了事的，于是决心彻底平定叛乱。雍正皇帝命令陕甘总督年羹尧为“抚远大将军”，四川提督岳钟琪为“奋威将军”，率清军两万多入进行平乱。
铁血平乱
对于罗卜藏丹青的叛乱，年羹尧早就看到苗头，也充分做了准备。但当叛乱一起，他接到雍正命令后，年羹尧把兵力分成三路，一路北进防止叛乱分子从北边过来，一路南下，驻守在察林多、巴塘等地，防止乱军进入西藏。最后一路是主力军，由岳钟琪率领直捣西宁、甘州等地。
罗卜藏丹津并没有实战经验，无论战略还是战术都比不了年羹尧，而且他手下僧侣太多，这些人充数量可以，但要打仗根本不行。而实际打仗没多少人，他在攻下城池后又派兵把守，本来有限的作战力量更分散了，这就使清军很轻松的予以各个击破。
1723年10月，年羹尧率军攻进了青海，并向和硕军发起进攻。在镇海堡之战中，和硕部进行顽强的抗击，但实力不济，于是就向罗卜藏丹津求援。罗卜藏丹津派三千人回援，但此时清朝援军也到达，激战五日，和硕特部死伤严重。
罗卜藏丹津此时亲率5000人守在申中堡与清军死战，后续清军大量进入此地，罗卜藏丹津渐渐抵挡不住，不得不撤出申中堡，还不如上下北塔的僧人死守的效果。但罗卜藏丹津撤走后，那些喇嘛僧人就孤立无援，最后全部被清军歼灭。
和硕特部交战中损失惨重，但在西宁的一些寺庙中，一些僧人却与清军展开死战。僧人虽然人数众多，但根本抵挡不住清军的进攻，很多僧人被杀。特别是郭隆圭一战，六千喇嘛全部战死。
从1724年2月开始，罗卜藏丹津的叛乱分子就已经大势已去，有的投降，有的抵抗也不是对手。清军随即展开了清剿战。岳钟琪大军在剿灭一些叛乱势力后，进入柴达木进行清剿。对乌兰穆和尔罗卜藏丹津营地发起突然袭击，此时罗卜藏丹津还在睡梦中，他仓皇逃跑，他的老妈及妹夫等亲信被抓。
主谋善终
罗卜藏丹津带200多名残兵逃走，清军每天对他穷追不舍，当他逃到青藏边界时，借助红柳逃脱，投靠了准噶尔汗国。至此雍正刚继位后的一场大的叛乱被平定。
清朝对于参与叛乱的并没有手软，很多参与叛乱的僧人及民众遭到清算。这次清朝没留情面，而且清朝对于青海的寺庙恨之入骨，认为这些寺庙都是参与叛乱的地方，削减了很多寺庙，并减少了喇嘛僧人的数量，不定期进行检查核定。
相比这些惨重的僧人外，罗卜藏丹津在准噶尔汗部过得很舒服，受到了优待。不过乾隆皇帝时，清朝与准噶尔汗之间进行了一场大战，1755年准噶尔汗被灭。罗卜藏丹津投降了清朝，对于这个叛乱的主谋，乾隆并没杀死他，而是给他盖房子在北京居住，还封他两儿子为官。
乾隆之所以没杀罗卜藏丹津，主要还是安抚蒙古部落，如果杀了罗卜藏丹津，蒙古部落恐怕就有不服气的，如果再有叛乱，清朝没有这么大精力平乱。但不能否认清朝这一战，对于稳定西部具有长远的战略意义。