元末，经过数年之久的农民战争，1368年朱元璋率领起义军攻克元朝首都北京，由此建立明朝政权，但元朝并未就此覆灭，在北京失守后退居至漠北地区，对明朝边境不断进行侵扰。由于游牧民族的作战特性，且明朝无充分条件进入漠北地区对蒙古诸部作战，因而对盘踞在漠北地区的蒙古诸部总体上实行防御政策。
河套地区，其地理位置位于中国大陆北纬37度线以北，范围包括贺兰山以东、吕梁山以西、阴山以南、长城以北地区，由于黄河河道在该区域呈现几字形，故而称为河套地区，因为降水充沛地形适宜，水草十分丰富，所以河套地区又有塞上江南之称。
河套地区因资源丰富，且历来是中原政权与游牧民族必争之地，因而自秦朝时期就一直视河套地区为战略要地。明朝在稳定政权后，便迅速入主河套地区，并积极设防以抵御盘踞在蒙古高原的元廷。
至明成祖执位，由于兵力不继等原因，明朝在河套地区的防线开始收缩，由此河套地区直接暴露在蒙古势力之下，至天顺元年(1457年)，蒙古部族发生内乱，孛来、毛里孩等部先后取得部族控制权，随后开始进入河套地区，自此蒙古诸部在河套地区落脚，且以河套地区为根据地对明边境不断骚扰，明朝河套之患由此开始形成，弘治十二年(1499年)，蒙古部族一度进至大同、宣府，威胁明朝首都。
对于盘踞在河套地区的蒙古部族，明朝也在不断进行驱赶，如成化至正德年间，为恢复对河套地区的控制权，不断进行“搜套”，但取得的效果甚微。河套地区最终的解决直到明穆宗时期。达延汗统一了蒙古诸部，为寻求长期稳定的边境贸易，以对逐草而居的游民经济进行补充保障，达延汗开始寻求对明朝的和平交往，之后俺答汗势力崛起后，虽对明朝边境仍有扰，但同达延汗一样，俺答汗开始要求对明进行长期稳定的互市贸易，在此背景下，在明朝首辅张居正主持下，明朝与俺答汗达成了互市贸易的友好协定，并封俺答汗为顺义王，由此河套之患才得以消减。
对于河套地区，自明朝建国初就十分重视该地区的战略价值，但之后的蒙古诸部盘踞河套地区对明朝的边境安全着实造成了巨大威胁，明朝历代帝王虽都尝试解决河套之患，但都未能彻底解决，隆庆和议虽解决了该问题，但也只是暂时的。河套之患让明朝饱尝边境动荡之苦，不光是边境民众长期处于战火之中，更是无形之中加深了双方统治阶层的仇恨。