明代万历以后，佛教出现复兴的局面，高僧辈出，其代表有云栖祩宏、紫柏真可、憨山德清和蕅益智旭，被称为晚明四大高僧，在晚明社会中影响深远。
云栖祩宏
云栖祩宏(1535一1615)，字佛慧，别号莲池，俗姓沈，浙江杭州仁和人。壮年之时的他科举失意，又遭遇妻子病亡，所以在嘉靖四十五年时便遂出家。隆庆五年，他游方至杭州梵村，在古云栖寺故址修建茅屋居住，命名云栖。据说，他曾经击木鱼念佛经祈雨，村民为感激他而修建寺庙，从此，他“法道大振，海内衲子归心”，云栖寺便兴旺起来。万历十六年，他曾应地方官员的邀请禳疫、造桥，著《放生文》，传诵于海内。株宏著述近四十种，被后人辑为《云栖法汇》。株宏主张禅教合一，并且以净土为归。他认为，参禅不能离教，他主张，念佛可以总括禅、教，是求得解脱的最好方式。他宣扬儒、释、道互相补充。他还用佛教批判当时在中国流传的天主教，指斥西方“天主”只是佛教诸天之一，不值得崇信。
紫柏真可
紫柏真可(1543一1603)，字达观，晚号紫柏，俗姓沈，南直隶吴江人。17岁时仗剑远游，遇虎丘僧顿悟而出家，游历北京、五台山、峨眉山等地。真可认为仁、义、礼、智、信的儒家“五常”就是佛教的不杀、不盗、不邪淫、不饮酒、不妄语“五戒”，因此三教同源。他以禅僧的立场，强调文字经教的重要。真可的著作，有德清校辑的《紫柏尊者全集》三十卷，钱谦益纂辑的《紫柏尊者别集》四卷、附录一卷。真可关注佛教发展，倡修《方册藏》，并与德清议修明朝《传灯录》，德清因得罪神宗而谪戍，真可尽力营救。当时宦官以矿监税使名义横行全国，南康太守吴宝秀因得罪矿税被诬下狱，真可积极赴京营救。万历三十一年“妖书”案发，真可被牵连入狱，最后愤死于狱中。
憨山德清
憨山德清(1546--1623)，字澄印，晚号憨山，南直隶全椒蔡氏子。12岁的德清在南京报恩寺剃染，17岁正式出家。从云谷法会结禅于天界寺，他发奋参究，后来又于游学北京、五台山，参访名僧遍融、德宝等。万历九年，他在五台山为神宗建祈储道场，深得慈圣李太后宠信，而与神宗结怨。不久，德清因被诬陷私造寺院遣戍雷州，中兴禅宗六祖慧能的弘法寺院曹溪南华寺。万历三十四年遇赦，东游吴越，返还庐山后，在五乳峰下专修净业，四年后又复往曹溪，天启三年十月去世。德清著有《憨山梦游集》四十卷、《东游集》若干卷、《华严法界境》一卷、《法华通义》七卷等。德清主张三教一致，以佛释儒、道，认为三家教义可以互相诠解、补充。
蕅益智旭
蕅益智旭(1599--1655)，字素华，别号八不道人，晚年称蒲益老人，俗姓钟，南直隶吴县木渎人。他24岁时出家，跟从德清弟子雪岭剃度。27岁起，遍阅律藏，见当时禅宗流弊百现，决意要弘律。32岁的智旭开始研究天台教义，33岁在灵峰造西湖寺，此后历游于江浙闽皖等地，阅藏、讲述和著作。智旭50岁时归返灵峰，仍继续著述。清顺治十二年正月去世。其生平著述，经其弟子成时编次，分为宗论和释论二类。宗论即《灵峰宗论》，共三十八卷;释论包含对不同经典的注疏，其中《阅藏知津》四十四卷较重要。