明万历十三年(1585年)，年过古稀的海瑞起 复为南京都察院右佥都御史，此时他已闲居16年。本来明代南京的中央机构，自永乐北迁后多为闲秩，而海瑞复出不久，就向万历上疏，“举太祖法剥皮囊草及洪 武三十年定律枉法八十贯论绞”，要求在万历之世行洪武酷法治贪，罔顾情势变迁，引得朝议纷纭，万历不得不出来息事宁人。
这事发生在海瑞身上，并不奇怪。这 位以“尸谏”嘉靖闻名的直臣，在隆庆三年(1569年)巡抚应天时，就不识时务地力遏土地兼并，乃至不惜开罪前首辅徐阶，搞得官怨沸腾。官场的评价是海瑞“滞不达政体”，然而作为道德模范“镇雅俗，励颓风”，则“未为无补”。
万历首辅张居正对海瑞的看法亦大抵如此。然而张居正甚至对海瑞“镇雅俗，励颓风”的作用也视而不见，当国十数年，“惮瑞峭直，卒不召”。海瑞赋闲之时，张居正大刀阔斧改革，使得明代俨然有中兴之象。“宰相肚里能撑船”，张居正的识见与胸襟自然远非以指摘谋进身的言官可比，然则中兴名相为何也容不下道德模范?
分歧在于对待“祖宗之法”的态度上。黄仁宇在《万历十五年》中说，虽然张居正和海瑞都“希望寻找出一种适当的方式，使帝国能纳入他们所设计的政治规范之内”，但“张居正的措施多少带有变法的意味，而海瑞的做法却是力图恢复洪武皇帝拟定的制度”。
张居正作为“儒而有为者”，虽然尊重祖制，但稽古而不泥。他以干济才入主文官系统，“尊主权、课吏职、信赏罚、一号令”，经济上清查土地，改革税赋，军事上起用戚继光等名将整饬边务，开创“万历新政”。比如改革官僚体制、提高行政效率的重要制度创新“考成法”就脱胎于朱元璋的“祖宗之法”，化腐朽为神奇， 吏治因之澄清。
海瑞追慕成法，心系民生，但不愿意应时权变，见形施宜。他巡抚应天时虽“锐意兴革”，使得“民赖其利”，但所秉者唯“刚劲之性”，操之过 切，终于半途而废。其实儒学虽然因循守旧，但又强调旧邦新命，“苟日新，日日新，又日新”。张居正得“祖宗之法”要旨，因势利导，终能起衰振隳;海瑞执着 “祖宗之法”形相，求治心切，反而难有作为。
对于海瑞的症结，张居正看得很清楚。在给海瑞的信中他说：“三尺法不行于吴久矣。公骤而矫以绳墨，宜其不能堪也。”他认为“海瑞秉忠亮之心，抱骨鲠之节，天下信之。然考其政，多未通方，只宜坐镇雅俗，不当重烦民事”。因此，虽然张居正和海瑞都提倡知行合一，经世致用，但一个是务实的改革派，一个是激进的理想主义者，抵牾在所难免。
我们可以从李贽的说法中管窥一斑。李贽是当时有名的异端，其思想取道阳明心学而近禅 宗默观，在他看来，非但朱熹、二程不足论，连孔孟老庄也与常人无异。这样一位狂生如何评价海瑞和张居正呢?李贽认为，海瑞虽清，不过“万年青草”，张居正 却是“宰相之杰”，乃是经邦济世的伟大人物。看来李贽虽热衷“酷评”，在这个判断上却不失公允。
用现在的眼光看，张居正对于“祖宗之法”的灵活态度，无疑显得比海瑞更“理性”，而海瑞方凿圆枘，未免有些意气用事，但不应就此忽略张居正和海瑞的共通之处，他们“趣向虽殊，大归则同”。张居正和海瑞所处的年代内忧外患，危机四伏。 边事有俺答、倭寇之患，内则灾害频仍，民生凋敝。
就改善民生、振作国威而言，张居正和海瑞是完全一致的，他们身上体现了儒家士大夫“上下求索”、“以天下 为己任”的优秀传统。“临戎虚负三关险，推毂谁当万里侯”，张居正早年即对边备不修忧心忡忡;海瑞以六品户部主事冒死上疏，直斥嘉靖迷信方术，罔顾民生， 可谓英雄所见略同。