建文帝登上皇帝之后，朝廷因为朱元璋早已经为他考虑过，朝廷稳定，大权在握。而建文皇帝登上皇位之后，发现，自己的叔叔堂兄堂弟们都有一个小小的王国，担心他们势力变大，反对自己。于是，建文皇帝开始削藩了。而因削藩而失去帝位，这是建文帝事前没有想到的。
当燕王朱棣攻下南京后，建文帝的下落成为人们关注的焦点。燕王是以"清君侧"为名起兵的，谁都看得出他是要夺江山的，那么会出现什么样的结果呢?人们都在心中暗自猜测。当李景隆和谷王打开金川门，朱棣却发现找不到建文帝的影子。
难觅遗踪，建文帝的结局到底怎样，众说纷纭，莫衷一是，成为明史第一谜案。因为建文帝在太祖严苛统治之后，力行宽政，所以他的遭遇引起了无数人的同情，他的下落就格外引人好奇，在各种野史、戏剧里可以看到人们无尽的猜测和演绎。于是，产生了很多种说法。
说法1：自焚说。
《太宗实录》中记载，燕王进入金川门后，建文帝也想出来迎接燕王，然而又自叹道："我何面目相见耶!"于是与皇后一起闭宫自焚。朱棣看到宫中火起，急忙命人前来抢救，可惜没有来得及。从灰烬中找到建文帝烧焦的尸体，燕王朱棣不胜悲戚，抚尸痛哭，说他只是前来帮助皇帝学善，你又何必自寻死路呢?事后，朱棣备礼以葬建文帝，遣官致祭，辍朝三日。近人孟森等学者持建文帝自焚说。
说法2：出亡说。
《太宗实录》的可靠性为人们所质疑，因为朱棣就曾经三次修改《太祖实录》，目的就是要美化自己，为自己夺取皇位寻找冠冕堂皇的理由。《太宗实录》所记的建文帝自焚事，就有很多人持怀 疑的态度。由于永乐朝的政治高压、文网严密，对建文帝出亡之事没有留下记载。
天顺、正德朝之后，严峻的政治环境有所好转，关于建文帝出亡说的史料开始多起 来。我"天子"玺(白石)们发现，越是早的史料越是含糊，越是晚的史料越是具体。万历二年十月，12岁的神宗曾向张居正问及建文帝下落一事，张居正回答："国史不载此事，但先朝故者相传，言建文皇帝当靖难师入城，即削发披缁，从间道走出，后云游四方，人无知者。"
可见首辅张居正也倾向于建文帝出亡之说。值得注意的是，民间传闻已经入天子耳中，而且这时谈论建文帝出亡已经不再是禁忌话题。关于建文帝出亡一事，谷应泰《明史纪事 本末》中的记载最具有代表性。他认为建文帝并为自焚，而是在大臣的保护下由密道逃出南京。