1645年5月，李自成在湖北通山被地方武装斩杀。由于李自成死的非常突然，对继承人没有任何的安排。
以至于此时剩下的东西两路农民军立刻陷入群龙无首的局面，再加上核心人物刘宗敏被杀、牛金星投降，更是雪上加霜。在此之后，明清双方对这些农民军的拉拢就开始了。
一、东路农民军大半投靠了清廷
李自成意外被杀以后，他亲自率领的东路农民军立刻陷入了群龙无首的局面。当时农民军中的田见秀、郝摇旗、王进才、张鼎等人各有自己的势力，每个人手上都有那么两三万人的军队。
这些人的军队加在一起达到了21万，但是这些人没有统一的指挥，各个将领谁也不服谁。这些人为了躲避清军的打击撤进了湖南地区，当时明朝的湖广总督何腾蛟在长沙，而清朝的湖广总督佟养和在武昌。
农民军初入湖南时，被何腾蛟当成了地方流寇予以打击。可结果却是前去进剿的明军被暴打，逃回来的明军士兵报告说“看到了大顺的旗帜，而且人数铺天盖地。”20多万人不铺天盖地才怪。
此时何腾蛟手里只有2万多军队，根本不是农民军的对手，听到消息以后何腾蛟十分恐慌。不过此时的农民军已经什么都没有了，他们开始和何腾蛟商议联合抗清。
当年的七月，何腾蛟和农民军达成了协议共同抗清。但处于崇祯皇帝之死和传统的教育偏见，何腾蛟、章旷等地方大员对农民军并不信任，对后勤补给也是一拖再拖。
与此同时，清军在湖北的主力已经撤回北方，英亲王阿济格也回到北京避暑去了，此时的湖北地区只有佟养和指挥的7000清军和2万多明朝降军。这是收复湖北绝佳的机会，但是何腾蛟没有能把握住，反而让清廷掌握了主动权。
佟养和以不必剃发为诱饵，引诱湖南的农民军前往湖北。结果除了王进才和郝摇旗继续留在湖南效忠南明之外，其余张鼎、田见秀等人全部开向了湖北，10多万农民军就这么成了伪军。东路的农民军解体，力量对比立刻发生了大逆转。
二、西路农民军开始效忠南明
李自成死了以后，驻守陕北和宁夏地区的农民军也开始南撤，这就是西路军。西路农民军的路线与东路军相仿也是进入了两湖地区，此时清廷的手先伸了出来，先后六次招降西路军。
但西路军的李锦和高一功二人没有像东路军那样投降，他们选择了和南明隆武朝联合。此时西路军的兵力在15万左右，还是一直很有战斗力的军队。
福建方面的南明朝廷又是吵翻了天，很多迂腐的文官说“李贼破北京，罪不可赦，其同党岂可封拜？”这都什么时候了！大明朝从北京败到南京，又从南京败到福建，这些文官想着剿灭流寇。