锦衣卫是明朝专有军政特务机构，其前身为朱元璋设立的“拱卫司”，后改称“亲军都尉府”，统辖仪鸾司，掌管皇帝仪仗和侍卫，在洪武十五年（1382年），裁撤亲军都尉府与仪鸾司，改置锦衣卫。
作为皇帝侍卫的军事机构，锦衣卫主要职能为“掌直驾侍卫、巡查缉捕”，朱元璋为加强中央集权统治，特令其掌管刑狱，赋予巡察缉捕之权，下设镇抚司，从事侦察、逮捕、审问等活动，其首领称为锦衣卫指挥使，一般由皇帝的亲信武将担任，直接向皇帝负责。
洪武二十年（1387年），朱元璋下令焚毁锦衣卫刑具，所押囚犯转交刑部审理，同时下令内外狱全部归三法司审理，将锦衣卫废除。后来，明成祖朱棣为了巩固统治又恢复锦衣卫，并由北镇抚司专门处理诏狱，有明一代，锦衣卫一直存在。
锦衣卫直接听命于皇帝，可以逮捕任何人，包括皇亲国戚，并进行不公开的审讯，也有参与收集军情、策反敌将的工作，如在万历朝鲜战争中收集了大量的日军军情，延续至1661年南明永历帝的锦衣卫指挥使马吉翔与掌卫事任子信于咒水之难被杀才可说是正式结束长达290年的历史。
1、侍卫仪仗
锦衣卫首先是皇帝的侍卫亲军和仪仗队，由将军、校尉和力士组成，将军初名“天武”，永乐时改称“大汉将军”，选取体貌雄伟、有勇力者充任，作为殿廷卫士，校尉、力士选取民间身体健康、没有前科的男子充任，校尉掌管卤簿、伞盖，力士举持金鼓、旗帜。
平日里没有朝会活动时，各卫亲军分别值守皇城四门，唯独锦衣卫将军在午门外昼夜守卫，总共100人，午门是宫城的正门，可见锦衣卫地位之高。
皇帝在奉天门（今故宫太和门）御门听政的时候，锦衣卫堂上官一员侍立周司农在御座西侧，负责传旨。
锦衣卫将军一百二十九人与千户二人、百户四人，分别守护在丹陛、御道、金水桥以及奉天门广场的各个门前，此外，还有锦衣卫校尉五百人，排列在午门内外，负责鸣鞭及执掌仪仗。
每年正旦、冬至、万寿节三大朝会，锦衣卫与其他亲军一起承担侍卫和仪仗职责，仪仗队伍共有四千人余人，其中锦衣卫多达一千五百人，朝会期间距离皇帝最近的就是锦衣卫，随时侍奉左右，听候调遣。
每当皇帝因祭祀或巡游而出宫时，锦衣卫也要在驾前扈从。他们有的负责沿途巡视，有的负责在銮跸与京城之间传报消息，有的在驾旁侍骑，传奏御辇的起落。
由于具有仪仗队的职能，所以锦衣卫的服饰异常华美，校尉穿的官服因袭了元代礼服的样式，《长安客话》中称其“鹅帽锦衣”，也就是用鹅毛装饰的帽子和颜色亮丽的衣服。
每当皇帝祭祀或巡游时，作为侍从的锦衣卫校尉更要身着飞鱼服，腰佩绣春刀，飞鱼服是仅次于蟒袍的隆重礼服，官员到了一定品级才能穿着，绣春刀轻巧短小，除非御赐，否则不能擅自佩戴。
景泰年间，锦衣卫指挥使和当值侍卫又获准穿着麒麟服，这是公、侯、伯、驸马才有资格穿的礼服，锦衣卫大汉将军在当值时要穿戴饰以小旗的头盔、对襟的罩甲，盔甲有金盔金甲、红盔红甲和红盔青甲等各种颜色，腰间还要悬挂宫禁金牌和佩刀，手持金瓜或斧钺，现藏于台北故宫博物院的《出警入跸图》中能清楚地看到随驾扈从的锦衣卫官军，如下图所示：
2、侦缉廷杖
“巡查缉捕”是锦衣卫区别于其他各朝禁卫军的特殊之处，负责侦缉刑事的锦衣卫机构是南、北镇抚司，其中北镇抚司是洪武十五年添设，专理皇帝钦定案件。成化元年，增铸北镇抚司印信，一切刑狱不必关白本卫，北镇抚司拥有自己的诏狱，可以自行逮捕、刑讯、处决，不必经过一般司法机构。
南、北镇抚司下设五个卫所，其统领官称为千户、百户、总旗、小旗，普通军士称为校尉、力士。
廷杖就是把触怒皇帝的大臣拖出午门杖打，负责行刑的就是锦衣卫校尉，监刑的是司礼监太监，受杖官员被扒掉官服，用草绳捆绑，趴在地上，受杖80棍，行刑校尉每5棍一换，共用16人。
行刑校尉以司礼监太监的表情动作为下杖轻重的依据：若太监两脚成外八字张开，受刑之人尚能留下一条性命；若太监两脚尖靠拢，受刑之人就要毙命杖下，有明一代共行廷杖500余次，杖毙的大臣达50多人。
作为皇帝的贴身卫队，为了保证皇帝的安全，锦衣卫必须防患于未然，他们于是时时出动，刺探可能威胁皇权、危害朝廷的行为和言论，并捉捕和审讯嫌疑人，他们的这项任务被皇帝特许，并逐渐演变为军事特务的职能。
负责侦察、缉捕的锦衣卫官校称为“缇骑”，由于权力缺乏限制，他们为了邀功请赏而罗织罪名，不择手段地扩大牵连范围，制造的冤假错案不胜枚举。
洪武时期，因为锦衣卫有非法凌辱、虐待囚犯的行为，朱元璋下诏焚毁锦衣卫刑具，废除了他们的这项职能。
明成祖朱棣登基之后，恢复了锦衣卫的所有权力，并有所加强，他设置了北镇抚司，专理“诏狱”，可以直接逮捕和拷问犯人，刑部、大理寺、都察院这些司法机关无权过问。
明宪宗成化年间又增铸了北镇抚司印信，一切刑狱专呈皇帝，毋须通过指挥使转达，使锦衣卫北镇抚司成为皇帝直辖的司法机构，权力达到极致。