大明每年农税二百万两白银，因为小冰河时期的影响，天子每年都要免除大量的农税并赈灾，他先是下令赈灾款从内库出，然后就是战争特别费从内库出，接着是修河治水钱也要内库出，还有军屯歉收也要内库补助等。
为了应付各种开支，万历就挖空心思地挣钱。他除去收了近三百万北方影院我的野蛮格格两海税银和上千万两的工商盐茶银以处，还下令开放书局给内库挣银子，只要能卖出去的书一律刊印，或者只要肯交钱就给你印。
所以这个时代也是中国封建王朝时期书籍刊印得最多的时代，闻香教教主徐鸿儒的经书都是皇家书局刊印的，闻香教的作乱宣传单也是皇家书局印的--就因为徐鸿儒付钱了……
北京的路人穿的衣服也是五颜六色，这一切也是为了税收上的考虑。曾经有言官痛心疾首地谈到大明的百姓穿的比官员还漂亮，更有人开始穿明黄色的衣料了。文臣要皇帝整肃朝纲，不许百姓僭越，一开始万历也曾犹豫过，但收绢税和花布税的太监问他："如果不许小民穿绫罗绸缎，那万岁爷找谁收税去呢?"
最后就是万历一辈子再次倒在了银弹攻势下，顶住了文官的齐声痛骂，把大明祖制给修改了，废除了所有关于车马、衣服和轿子的限制。
万历朝十年后，地球进入小冰河时期，在连绵不断的天灾面前，为大明积攒下的国库储蓄迅速地耗尽了。虽然南方各军镇吃饱没有问题，也不需要朝廷拨给救济款，但随着灾害地持续，万历皇帝渐渐感到他无力维持大明水师的开销了，所以就允许沿海各军镇自行向海商收取一定的海税，作为水师的维持费和清剿海盗的费用。
这个政策推行以后，大明水师就进入了不稳定的发展期，有地军镇经营不善，税收很高但海盗仍然猖獗，导致附近的海商贸易萎缩，并进一步导致所属的水师急剧退化。相反，经营良好的军镇则迅速拥有了强大的海上武力，从而能够制造出更大地海贸安全区，从而进入一个良性循环。
到万历三十五年以后，大明水师驱逐了盘踞在澎湖一带的荷兰人。当时万历皇帝为了进一步给内库开源，甚至制定了渡海进攻马尼拉地计划。这主要是因为万历皇帝听到了当时盛传于中国的一种谣言，那就是;马六甲一代盛产黄金和白银。
万历三十六年后，万历皇帝还曾派了几拨太监前往那里进行实地考察，其用意之险恶不问可知。只是那些太监带回的事实粉碎了谣言，万历皇帝确认了金山、银山的说法为子虚乌有后，才讪讪放弃了侵略企图。