明神宗是明穆宗的第三银河女黑侠子，母亲李太后原本是个宫女，以姿色美艳得宠，生神宗。
隆庆二年立为皇太子，明穆宗对其很有期望，改名钧，意思是“夫钧者,言圣王制驭天下犹制器者之转钧也”。幼时朱翊钧就十分聪惠，有一次明穆宗在宫中骑马驰骋，朱翊钧拦住马对明穆宗说道：“父皇是天下的共主，万一出了闪失，如何向天下交代呢？”明穆宗听到这番话，赶紧下马，抱起朱翊钧走入宫中。其母李氏教子非常严格，隔三差五就把儿子叫到面前谆谆教诫一番，每次经筵结束以后，都少不得督促考问他今天所学的内容。朱翊钧小时候稍有懈怠，李太后就将其召至面前长跪。
隆庆六年明穆宗驾崩，朱翊钧即位，改元万历，神宗在位之初十年尚处年幼，由母亲李太后代为听政。即位之初内阁纷争严重，大臣之间关系恶劣，时高拱以主幼国危，痛哭时说了偶然说了一句:“十岁太子如何治天下”，引起朱翊钧极为不满，最后在张居正与冯保添油加醋下罢免了高拱。太后将一切内务大事交由冯保，而大柄悉以委居正，军政皆由张居正主持裁决，独握大权。在小皇帝朱翊钧以及张太后全力的支持下，张居正大刀阔斧地实行了一条鞭法等一系列改革措施，使社会经济有很大的发展，人民生活也有所提高。
神宗在军事上任用干练将校，先后发兵平定了播州（遵义）杨应龙之乱的播州之役、平宁夏\拜之乱的宁夏之役、抵抗日本丰臣秀吉发兵侵略朝鲜以及奴儿干都司的朝鲜之役，维护了明朝的内部统一及宗主国的权威。此三场战争合称万历三大征。后世有说明军虽均获胜，但军费消耗甚钜，如仅朝鲜一役消耗国库便高达银八百八十三万五千两，米数十万斛[13]，对晚明的财政造成重大负担。但实际上明代晚期仅对后金的战事，耗费就高达六千万两之巨[1，远超三大征，且三大征都是不得不打之战，如若不打甚至打败了，明朝都有亡国之危。而三大征实际军费则由内帑和太仓库银足额拨发，三大征结束后，内帑和太仓库仍有存银，而面对萨尔浒之战的大败，朱翊钧用熊廷弼守辽东，屯兵筑城，才稍稍将东北局势扭转。
张居正过世后，万历开始沉湎于酒色之中，身体虚弱，每况愈下。因此，朱翊钧执政中后期，几乎很少上朝。他处理政事的主要方法是通过谕旨的形式向下面传递。“万历三大征”中边疆大事的处理，都是通过谕旨的形式，而不是大臣们所希望的“召对”形式。在三大征结束之后，朱翊钧对于大臣们的奏章的批复，似乎更不感兴趣了。同年，礼部主事卢洪春奏曰：朱翊钧“日夜纵饮作乐”。从同年起，为争立皇太子，演成了旷日持久的“国本之争”。
虽然说万历帝连续28年不上朝，但其早期的一些政策对于国家的影响是巨大的，正亦如此明朝在抵御外战中才有充足的粮饷，但其后期的腐坏也为明朝的灭亡打下了坚实的基础 。
是非功过后人评。