1409年（明永乐七年）初，阿鲁台和本雅失里率兵出击瓦剌，被马哈木等击败，退走胪朐河（今克鲁伦河）。阿鲁台虽兵败，但未遭受重大打击，仍自持力强，与明王朝为敌。同年7月，杀死明使郭骥。8月，明成祖朱棣命率10万骑征阿鲁台和本雅失里。9月，丘福孤军轻进，在胪朐河上游被阿鲁台和本雅失里打败，全军购物兔官网覆没。1410年（明永乐八年）3月，明成祖朱棣率50万大军征讨阿鲁台和本雅失里。6月，阿鲁台与本雅失里分裂，本雅失里率部西走，阿鲁台则率部东奔。明军首战本雅失里，蒙古军大败，本雅失里仅以7骑脱走，西入瓦拉；明成祖朱棣复率兵向东，大败阿鲁台部于兴安岭。同年冬，阿鲁台被迫遣使贡马，与明王朝修好。1413年（明永乐十一年），明王朝封阿鲁台为和宁王。
1416年（明永乐十四年），阿鲁台乘瓦剌军被明军战败之机，与瓦剌开战，马哈木败亡，部众溃散，其子脱欢被俘，在阿鲁台家中充当家奴，后被释放回归瓦剌。1417年（明永乐十五年），瓦剌部在兀古者河大败阿鲁台部。1419年（明永乐十七年），阿鲁台出兵瓦剌，大败瓦剌太平部。阿鲁台以从顺的姿态结好明王朝，本是权益之计，当其势力恢复之后，便不愿再受明王朝的羁绊。1421年（明永乐十九年），与明王朝失和，并驱骑南下。1422年（明永乐二十年）春，阿鲁台挥兵大举攻入兴和。明成祖惟恐阿鲁台势力扩大。遂于1422年（明永乐二十年）、1423年（明永乐二十一年）和1424年（明永乐二十二年）3次率大军亲征阿鲁台。阿鲁台则采取迂回战术，避不决战，不与明军直接对垒，尽管如此，阿鲁台的实力仍受到很大消耗。此时，瓦剌部正在迅速扩张实力，马哈木之子脱欢经过几年的休整后，实力大增。1423年（明永乐二十一年），乘机攻打阿鲁台，大败阿鲁台所部。阿鲁台部署离散，势力大为衰落。
1425～1426年（明洪熙元年至宣德元年）间，阿鲁台拥立阿台王子即汗位（即阿岱可汗）。但此时的大汗，已经无权与明王朝交往，完全成为傀儡。