起因 崇祯二年（1629年），后金政权陷入了严重粮荒，统治区内饿殍遍野，人困马乏。由于当时小冰川气候的影响，东北饥荒已经成为常态。此时新上任的蓟辽督师袁崇焕，在御前许下了“五年平辽”的豪言，到任后才发现困难重重。四月，蒙古喀喇沁部因为饥荒请求买米，袁崇焕下令于高台堡开粜，他向朝廷报告为了救济关外的蒙古部落。崇祯皇帝下旨要求“计口量许换米，不得卖与布帛米粮”，并强调：“如有疏违，以通夷罪论处！”但最终蒙古部落还是背信弃义，不过明清相关史料并无表明后金最终是否得到了粮食。后金为了从根本上解决连年粮荒，其首领皇太极制定了南下入关掳掠的大胆计划。同年六月初五，袁崇焕至双岛，以十二项罪名，矫诏杀死了明平辽总兵左都督毛文龙，史载毛文龙起先抗拒，闻此十二条罪状后顿时垂头丧气，可见非空穴来风。关于袁崇焕杀害毛文龙的原因，史学家众说纷纭：明末清初的史书普遍记载杀毛文龙是后金提出的议和条件；随着《满文老档》中毛文龙投敌书信的公开，乾隆皇帝为袁崇焕平反，各种史料开始认为毛文龙通敌，袁崇焕将之除去的确体现了“大智、大勇”。毛文龙死后，是否为后金南下扫清了障碍，尚在争论。毕竟毛文龙虽然曾经为抗金做出过贡献，但是时过境迁，宁远大战以及宁锦大捷中他都因为救援不力被天启帝下诏斥责。
史载后金的汉人副将高鸿中曾上疏皇太祁宗政新书网极：“若此时他来讲和，查其真伪何如？若果真心讲和，我以诚心许之，就比朝鲜事例，请封王侯，从正瘚，此事可讲。若说彼此称帝，他以名份为重，定是要人要地，此和不必说。他既无讲和意，我无别策，直抵京城，相其情形，或攻或困，再作方略……。”随后后金军即刻准备南下，酿成“己巳之变”。而在此后的岁月里，后金铁骑多次南下中原屠戮，如入无人之境，一直持续到明朝灭亡，给中原地区带来极大的破坏。但是史料中也有持相反观点的，如《三朝辽事实录》曾说：“崇焕得信心行事，中奴之诱，先杀毛文龙除奴肘腋之患。己巳，虏遂从蓟镇深入薄都城，舍山海而以蓟、宣为屡犯之孔道。向使崇焕不使吊通奴，西夷必不叛，夷不叛则西路不可行，不杀岛帅，则奴顾巢穴必不敢长驱而入犯！”入卫京师袁崇焕得知爱将赵率教阵亡、遵化陷落的消息，急行军三百馀里，比清军早到二天，九千骑兵有四千人掉队，步兵不能兼进[1]，崇祯立即召见，大加慰劳，赐御馔和貂裘，袁崇焕请求让疲惫的士兵入城休整，却没被批准，只好驻军北京广渠门外。两日后（11月20日）清晨两军在广渠门外大战，祖大寿阵于南侧，王承允阵于西南侧，袁崇焕阵于西侧。此时清军败退，广渠门溃败的清军在北京郊外大举烧杀，城外戚畹中贵园亭庄舍被蹂躏殆尽，引起戚畹权贵的极度不满，向朝廷告状。
袁崇焕应把来犯之敌阻挡在蓟州至通州一线，而非跟蹑，11月15日赶到河西务，又不顾将领反对，率部前往北京，造成纵敌深入的错觉，於是京城内议论纷纷。十二月初一日，崇祯召对袁崇焕、满桂及其部将黑云龙於平台。崇祯以杀毛文龙、勾结清军入关、射伤满桂三事责问崇焕，崇焕一时语塞，帝命锦衣卫拿下，后发南镇抚司监候。祖大寿闻讯，顿时大愤，率大军疾归山海关，情势再度逆转。此一战场由皇太极亲自上阵，明军节节败退，大将满桂、孙祖寿战死。时兵部尚书王洽“应变非所长。骤逢大故，以时艰见绌。遵化陷，再日始得报。帝怒其侦探不明”，遂下狱，隔年四月，病死狱中。经过崇祯二年（1629年）十月，发生“己巳之变”，皇太极率十万清兵绕道蒙古，十月戊寅日（12月11日）突破长城喜峰口，攻陷遵化，京师震动而戒严，同时诏令各路兵马勤王。正在山海关附近的袁崇焕部， 于十一月辛卯日（12月24日）在后金部队抵达之前两天赶到蓟州，袁崇焕本应将来犯之敌阻挡在蓟州至通州一线，在此展开决战，以确保京城安全。皇帝给予袁崇焕组织各支勤王军的权力以方便行事。袁崇焕将赶到的各路军队部署到其他防线，并将原先驻守蓟州的刘策调离，亲率关宁军坐守蓟州，并向皇帝承诺“必不令敌越蓟西”。
皇太极在得知袁崇焕坐镇蓟州后并没有攻打蓟州，而是“避实击虚”，趁夜绕过了蓟州，由此“僭越蓟州”，兵逼北京。袁崇焕在发现被后金军越过防线后并未对后金军进行追袭，而是经另一条道路以最快的速度赶到北京。六天后，于十一月丁酉日（12月30日）晚袁崇焕抵达北京广渠门外，提前后金部队到达北京城外2天。袁崇焕名为入援，却听任敌骑劫掠焚烧民舍，不敢一矢相加，放任百姓被敌骑蹂躏殆尽。后果己巳之变之后清军曾先后五度入长城，其中两次打到北京城，最远的一次侵犯到山东济南，皆大举劫掠而归。例如崇祯九年（1636年）五月，皇太极第二次攻入长城，遍蹂京畿，历时四个多月，明称“丙子虏变”。崇祯九年（崇德元年，1636年），清军第三次入塞，宣大总督梁廷栋与兵部尚书张凤翼不敢战，自知死罪难逃，每日服食大黄取泻求死。崇德三年（崇祯十一年，1638年），清军第四次入塞，卢象升拼死奋战，最后阵亡。崇祯年间明廷始终和战不定，在清军与流寇之间陷入两面作战之困境。崇祯十二年（1639年），洪承畴奉命镇守蓟辽边境，给予李自成、张献忠趁势崛起的机会。崇祯十三年（1640年）三月，洪承畴在松山之役战败被清军俘获，崇祯十六年（1643年）十月初三，孙传庭部被李自成部歼灭，自此明朝内外尽墨，注定明朝灭亡的命运。