与胡惟庸案并列的蓝玉案，被很多人视为一大冤狱。已故明史专家吕景琳先生曾发表《蓝玉党案考》一文，列举一些理由证明“蓝玉案是完完全全的一个假案”。其中最重要的一条理由，是认为该案案犯供称蓝玉拟在皇帝耕藉田之日谋反，这是根本不可能的。因为耕藉田虽定在仲春二月，但具体日期则由钦天监临时选择，而且皇帝不一定亲自前往，因此，“一般人决无可能较早知道享先农耕藉田的日期，更不可能预测朱元璋今年去不去耕藉田”。陈先生指出，这些理由实际上是经不起推敲的，“耕藉田的具体日期虽由钦天监择定，但绝非临时决定，而是提前一段时间择定，因为耕藉田并非皇帝本人或委派代行官员的个人行动，而是牵涉到一大批百官耆宿的集体行动”，蓝玉“作为必须参加耕藉田的三公之一，他事先知机动杀人快播道耕藉田的日期定在二月十五并得知皇帝将亲往参加，是一点也不奇怪的”。陈先生认为，蓝玉谋反的事实是确凿无疑的，“但大规模的诛杀，又必然造成大量的冤狱”。
历史学界内外，都有很多人把明清视为闭关锁国的时代。陈先生提醒读者注意，“明朝的海禁和清朝的海禁有着本质的不同，前者是一种由官府垄断海外贸易的政策，后者才是真正的闭关锁国政策”。他由此告诫说：“历史上有一些外表相似的事物，其实内涵和本质并不一定相同。我们研究历史，不仅要观其形，更要察其神，透过现象抓住本质。否则，就会上当受骗，得出错误的结论。”这是陈先生的经验之谈，也是所有研史读史者都应当引以为训的重要原则。
陈先生长期沉潜于朱元璋研究，对朱元璋的言行事迹、是非功过了然于胸。对于一些流行读物将朱元璋妖魔化、脸谱化的做法，他虽然深感不满，但他决不矫枉过正，为朱元璋曲意辩护，涂脂抹粉。在充分肯定朱元璋的历史功绩的同时，他也花费大量笔墨，介绍和剖析了朱元璋的政策失误和性格缺陷。他写作此书的惟一目的，是想告诉读者一个真实的朱元璋。陈先生谈到：“任何历史作品，不管其表现形式如何，是学术著作还是通俗读物，都应该真实地反映历史的面貌，揭示其丰富的内涵。否则，戏说历史，真假混淆，就无助于人们认识历史，得到有益的启迪了。因此，历史作品应该写得好看，更要写得真实。真实是历史作品的生命之所在。”这是陈先生一向秉持的原则，也是所有写史者都应当秉持的原则。