元末农民大起义，南方势力以陈友谅，朱元璋，张士诚三家势力最大。其中陈友谅的水师又是最强大的。鄱阳湖一战朱元璋险些被打死，亏得刘伯温神机妙算，周颠，常遇春等勇猛作战。且天不佑汉，陈友谅被乱箭射死，陈军大乱。朱元璋趁机大举进攻，侥幸得胜，俘获陈友谅的水师。
陈友谅的水师主力战舰是加强版的艨艟巨舰。楼船、蒙冲、斗舰、海鹘、走舸、游艇等应有尽有，这支水师付出了陈友谅的巨大心血。鄱阳湖战后，朱元璋获得陈友谅的水师实力大增。陈友谅的水师也成了大明的主力水师。
在明成祖时期，明王朝拥有3800艘船，其中1350艘巡船，1350艘战船，以及驻扎在南京新江口基地的400艘大船和400艘运粮漕船，其中有250艘是远洋宝船，此外还拥有大量护洋巡江的警戒执法船和传令船。此时明朝水师是中国古代史上乃至世界古代史上最强大的舰队，郑和下西洋时：“及临外邦，番王之不恭者，生擒之；蛮寇之侵掠者，剿灭之。”，其时万邦来朝，四海宾服，大扬大明国威。
16世纪是地理大发现的时代，西方殖民者东来，纷纷掠夺殖民地。
葡萄牙想将澳门纳为殖民地，被明朝水师在珠江口海战中将其重创，使其打消念头，被迫转与中国通好。
天启四年，大明水师在澎湖之战中，重创荷兰侵略军，俘获荷军首无缝方管 舜冶金属领高文律，成功收复澎湖列岛，捍卫了国家主权，教训了西方侵略者、殖民者。
崇祯六年，料罗湾海战是明朝对荷兰殖民者的自卫反击战争，这次海战是中国人第一次在海上大败西方海军的战役。此次战役中，郑芝龙广泛吸取西方海军的先进经验与技术，组建更为强大的水师，首开东方国家在海战中击败西方殖民国家的先例。
16世纪末，日本发动侵朝战争，大明水师在露梁海战中大败日本舰队。此战之后，日本元气大伤。在以后的三百年内，日本不敢再窥视中华。
17世纪中叶，郑成功率军横渡台湾海峡，击败荷兰东印度公司在台湾的驻军，收复台湾。使沦陷了三十几年的台湾，重新回到祖国的怀抱。
大明王朝立国近三百年，大明水师未曾遭遇一败。不论是西方的殖民侵略者，还是东方日本倭寇的侵扰，大明水师都予以迎头痛击。战必克，攻必取，大明水师称霸世界三百年而无一败绩，创造了世界海军史上的奇迹。