明成祖严苛好杀荼毒天下乃天性
为了眉目醒豁起见，成祖内犯陷京师的经过，我再撮要提示一遍：六月初燕师以都督陈瑄投降，得以渡江，取道镇江、龙潭，直薄京师；大约在六月十三，谷王及李景隆开京城西北的金川门迎燕，燕王入城，分遣诸将守城，致书建文帝；其时皇城已闭，燕王不愿以武力破宫，还驻龙江驿。约在午后不久，皇宫火起，成祖派兵驰救，火息搜索，由成祖的太监，找出一具尸首，说是建文帝已＊。其实不是。那么建文帝到哪里去了呢？这个谜，留待以后再研究，先谈成祖入承大位之初的残忍暴虐。
成祖的本意，希望建文帝逊位让国，及至皇宫火起，才知如意算盘落空，于是一面拷问宫嫔太监，追问建文帝的下落；一面大事搜索，捉拿所谓 奸臣 。
这两件事，前者无结果，不得已肯定建文帝＊，而在破城后的第八天将那具尸首下葬；建文马皇后亦无下落，相传被指为帝尸者，实为后尸。
搜杀 奸臣 则成祖可谓如愿以偿。他的第一个目标是齐泰、黄子澄，此两公以后不太为建文帝所信任，在进退失据的困境下，每每以此两人的名位作牺牲：与燕谋和时，他们被解职；对燕强硬时，则又召还。成祖陷京时，齐、黄都在外面募兵勤王，黄子澄在嘉兴为人所密告被捕，成祖亲自审问，不屈 磔死 ，族人无论少长皆斩，姻亲一律充军。但留下一个儿子，改名田经，移居湖北，子孙中后来有人中了进士。
齐泰在燕师渡江时奉旨回京，走到半路上听说京师沦陷，走外郡想号召义士反攻。其时成祖已悬赏捉拿齐泰，他的那匹白马大概像关公的赤兔马那样，十分出名，成了一个很显著的目标，齐泰异想天开，用墨把白马涂黑，走不多远，马一出汗，墨汁淋漓，依旧褪成白色，有人诧异： 哟！那不是齐尚书的马？ 因而被识破行藏，捉到京里。书生不经世务如此！而建文帝用他参国政，岂不是自找倒霉？不过话说回来，齐泰虽似书呆子，也讲原则，而且亦不算刚愎，比黄子澄要略胜一筹。
齐泰亦是不屈而死。成祖对他比对黄子澄要客气些，给他留下一个六岁的儿子。至于遭遇最惨的则是方孝孺。
方孝孺是明太祖开国文臣第一位的宋濂的得意弟子，两蒙召见，太祖看出他是乱世忠臣的气质，认为一时用不着他，派为陕西汉中的学官。蜀王慕名聘为他的世子 嫡长子的老师，以礼相待，题其书斋名为 正学 ，后世尊称他为 正学先生 的出典在此。
建文帝即位，方孝孺奉召入京为翰林院侍讲，这个官衔，顾名思义是侍奉皇帝讲读，实际上就等于建文帝的老师之一，第二年升为侍讲学士，权责也加重了，成为建文帝的最高顾问，凡有大政事裁决，往往先征询他的意见。不久，又成了建文帝的副手或代表：临朝奏事，当面决定了可否，建文帝往往就命方孝孺代为批答章折。一有空，君臣二人便商量如何臻于三代之治，甚至想复行经王莽试验失败了的井田制。建文帝对他的尊敬和信任，已驾乎齐、黄以上。
燕兵内犯，朝廷镇压，一切诏旨檄令，都出于方孝孺之手，自然也参赞军事。他出的那些计策，道衍一望即知，不会上当。譬如说，仁宗为燕世子时留守北平，方孝孺知道他的弟弟高煦狡诈，曾想夺嫡，于是定了条反间计，在成祖兵次徐、淮时，特遣一名锦衣卫千户携带诏书赐燕世子，想为高煦制造口实，引起燕府的内乱，哪知燕世子不拆诏书，连同那名千户一起送至军前，轻易破了方孝孺的计策。但是那些义正辞严的＊诏檄，却引起了道衍惺惺相惜之心，所以成祖最后一次出兵时，道衍特以方孝孺为托。
道衍是这样对燕王说的： 到了京城，方孝孺一定不肯投降，请不要杀他。杀了方孝孺，天下读书种子绝了！
成祖当时答应了他的要求，等方孝孺被捕下狱，成祖记起道衍的话，同时想借重他的名望及文笔，于是派人把他召入宫内，草拟即位诏书。
方孝孺一进宫就放声大哭，响彻殿庭，成祖亲自从御榻上走下来劝他说： 方先生不必如此悲苦，我不过想效法周公辅成王的故事而已。 成王是指建文帝。
那么成王呢？ 方孝孺问。
他自己自焚而死了。
何不立成王之子？
国赖长君。 成祖有些窘了。
所谓 成王之子 ，是指建文帝的两子，长子名文奎，年方七岁，陷城后不知所终，大概是焚宫之时，烧得尸骨无存也。次子则尚只两岁，名文圭，禁锢禁中五十五年，号为 建庶人 ，从小没有接触过高墙以外的人世，所以释放以后，形同白痴，连猪犬都不认得，此真人间惨不可言之事， 不幸生在帝王家 ，正此之谓。
主少则国疑 ，所以 国赖长君 这句话，还勉强可以辩解，但 长君 应另有人 建文帝行二，他下面还有三个弟弟：吴王允熥、衡王允、徐王允，因而方孝孺反驳： 何不立成王之弟？
驳得成祖哑口无言，只好这样说了： 这是我的家事。 叫左右拿笔墨来，坚决地说： 诏告天下，非先生来写不可！
方孝孺一下子反了，把笔札掷在地上，且哭且骂： 死就死！诏书绝不写。
成祖勃然变色，提出警告： 你难道不怕灭九族？
灭十族又如何？
好！ 成祖接口， 我就灭你的十族。
按： 九族 有两个说法：一说是高祖、曾祖、祖、父、本身、子、孙、曾孙、玄孙为九族；再一说是外祖父、外祖母、姨表兄弟、岳父、岳母、姑表兄弟、外甥、外孙，以及本身的族人，自然包括直系亲属在内。前一说为 九代 不是 九族 ，应以后一说为是。但自古极刑无过于灭九族，现在再要加一族，倒霉了方孝孺的门生。被灭 十族 的人数不可考，只知方孝孺 外亲戍边 ，于万历年间赦还的，共有一千三百余人之多。
方孝孺当然 磔死 ，临终以前有首绝命词，不如《正气歌》出名，介绍在此：
天降乱离兮孰知其由？
奸臣得计兮谋国用犹；
忠臣发愤兮血泪交流！
以此殉君兮抑又何求？
呜呼哀哉兮庶不我尤！
死时年四十六岁，绝后。方孝孺有此决绝的表示，是因为他相信建文帝已殉社稷 这也是他的主张；如果他知道了建文帝生死成谜，或许会忍死须臾，以谋匡复。
方孝孺既死，即位诏书还得有人来拟，成祖找到另一个宋濂的学生，侍读楼琏。他当面不敢辞谢，回到家对他妻子说： 我甘于学方孝孺那样而死，但怕连累了你们。 当夜自缢，不负本心。
成祖破京之初，类似的忠烈孤臣，比比皆是，其中有个卓敬，需要特加介绍。卓敬字唯恭，浙江瑞安人，洪武二十一年中进士后，除户科给事中。给事中与御史同为言官，御史以省分道，如 浙江道 、 山东道 等，而给事中配合六部分科，所以合称 科道 。卓敬为言官时，耿直无所避忌。建文初他上一道密疏，说燕王智虑绝伦，雄才大略，酷类先帝；北平形胜之地，士马精强，金、元由此而兴，所以不宜让燕王镇北平，建议徙封南昌，就近监视，万一有变，亦易于控制。这确是曲突徙薪、防患未然的救时良方，可惜建文帝不听。
卓敬被捕，成祖虽责以离间骨肉，但颇有怜才之意，把他下在狱中，劝他投降。卓敬不屈，成祖亦不杀。哪知道衍与卓敬有仇隙，便在成祖面前进谗： 如果卓敬的建议见诸实行，皇上哪里会有今天？ 成祖因而斩卓敬、诛五族。
至于铁铉，本来一直守山东，燕军南侵，建文帝命东辽总兵杨文领兵十万会合铁铉，绝燕归路。杨文无用，所部入关，为燕将拦截，无一能至济南。建文四年四月，铁铉与盛庸战燕军于淮、徐之西，时有斩获，不幸平安一军垮了下来，盛庸亦遭败绩，铁铉不得已屯兵淮上。京师沦陷，所部溃散，铁铉被擒，解至京师，成祖亲自审问，铁铉背对殿上，丑诋成祖不仁不义，死时年三十七岁。
明太祖最受人批评的一事，是侮辱衣冠，至成祖又变本加厉，清朝章学诚曾指出： 前朝虐政，凡缙绅籍没，波及妻孥，以致诗礼之家，多沦北里。 在明太祖时，于南京干道桥设 富乐院 ，罪人眷属，发此为官妓。（明朝历史 www.lishi88.cn）成祖处置建文孤忠的妻孥，实在与流寇的作风无甚分别。如《国朝掌故》所记： 铁铉妻杨氏年二十五，送教坊司。劳大妻张氏，年五十六，送教坊司。张氏旋故，教坊司安政于奉天门奏，奉圣旨： 吩咐上元县，抬出门去着狗吃了。钦此！ 请想，这是什么皇帝！
这种暴虐不仁的情形，甚至在成祖得位十年以后还存在，如《南京司法记》：
永乐十一年正月十一日教坊司于右顺门口奏： 齐泰妇及外甥媳妇，又黄子澄妹四个妇人，每一日夜二十余条汉子看守着，年少的都有身孕，除生子令作小龟子，又有三岁女子，奏请圣旨。 奉钦批： 由他。不的到长大便是个淫贼材儿。 又奏： 黄子澄妻生一小厮，如今十岁。 也奉钦批： 都由他。
成祖对建文死难诸臣，余憾不释，一至于此，在历史上，实所罕见。《明史》号称良史第一，于此多所隐晦，不是略而不提，就是说她们自杀，如方孝孺的女儿，本传不详，而《剑气珠光集》有记：
方正学家在雨花台下，以枝梅树为记，其女发流教坊，遂隶籍焉。
成祖的严苛好杀，出自天性，在他晚年，宫中还掀起了一件杀人盈千、株连极广的大狱。事起于一名来自朝鲜的妃子，因争宠，谋害了另一名来自朝鲜的权妃。成祖因为有朝鲜血统，饮食非权妃照料不能适意，所以对权妃被害震怒不息，穷治其事。《明史》中对此只字不载徐韶蓓不雅视频种子，傅斯年先生曾根据朝鲜《李朝实录》考证其始末。此是另一个宫闱故事，这里从略。
仁宗即位后，立即赦免 靖难之变 中的死难诸臣的家属，遣戍者大都放还，并有 御札 ，凡 建文中 奸臣 家属初发教坊、锦衣卫、浣衣面习匠、功臣家奴，今有存在，并宥为民，给还田土 。善于为父补过，不愧为 仁 。