廖永忠是最早被杀的功臣。廖永忠在很多战斗中立有功勋，特别是在鄱阳湖之战中殊死战斗，建国后被封为德庆侯。洪武八年（1375），朱元璋以其私自穿着绣有龙凤图案的衣服逾制为由将其杀死。其实这只是借口，真正导致廖永忠丢失性命的原因在于一个政治隐秘，当年正是他执行了朱元璋谋杀小明王韩林儿的任务。在他之后，朱亮祖、鉴婊司令李文忠、徐达先后死于非命。
通常而言，开国皇帝与功臣之间产生矛盾不乏先例，关键是皇帝如何化解这种矛盾。汉代的刘邦心存猜忌，大杀功臣；唐太宗李世民气量宏大，处理较为妥当；宋太祖赵匡胤则采取了另外一种模式，即"杯酒释兵权"，和平解除功臣的兵权。朱元璋的情况与刘邦有些相似，却又不同。帮助朱元璋打天下的功臣，多是他的同乡，甚至汤和与周德兴还是他的同村，是幼时游戏的玩伴。正是这些人在战斗中出生入死，东征西讨，为朱元璋夺得天下。待到朱元璋登基成为皇帝后，他们之间却有了君臣的名分，凡事不可逾制。这些功臣心里也许难以及时适应这种改变，而朱元璋却是一个多有顾忌的君主，矛盾于是不可化解。朱元璋之所以大开杀戒，史家通常认为是他为继位者扫清障碍，永保大明江山。据史书记载，太子朱标对他大开杀戒不以为然，曾数次劝谏。一次，朱元璋命人找来一根长满尖刺的荆棘放到朱标面前，让太子朱标去拿，朱标畏惧不敢伸手。于是朱元璋就对自己大杀文武功臣进行解释："汝弗能执与，使我润琢以遗汝，岂不美哉？今所诛者皆天下之险人也，除以燕汝，福莫大焉！"意孝陵神功圣德碑思就是说，我杀人就是像去掉荆棘上的尖刺一样，这样你将来才可以安坐天下。可是，他在为子孙扫除障碍的同时，也埋下了祸根。后来，他的孙子建文帝锐意削藩，燕王朱棣立即起兵"靖难"，夺取天下。假使当时蓝玉等能征惯战的开国功臣还在，朱棣未必敢兴兵，建文帝也不用"逊国"了。
朱元璋不仅屠戮功臣，也注意严肃整顿吏治。这与他来自底层，看到元朝因吏治腐败导致灭亡的教训有关。他在明初实行以猛治国的政策，认为乱世须用重典，法外用刑的情况很严重，遭到惩处的官吏很多。
空印案。按照规定，每年各布政使司和各府、州、县都要派遣官吏到户部报告地方财务情况，户部审核清楚才算了结。户部的审核很严格，钱谷数字如稍有不合就得重新造册填报。重新造册不算困难，主要是账册上要有地方衙门的印信才行，而从中央到地方重新盖印往返要很长时间，因此地方官员习惯带些备用的空白文册，一旦遇到驳回的情况，只须重新填写而不必往返了。这种做法已经成为一种惯例，户部也很清楚，照例默认，没有人去追究。再说，这种文册盖的是骑缝印，也不能用作他图，没有什么危害。洪武十五年（1382），朱元璋发现这种情况，非常震怒，认为是故意欺骗他，下令将各地衙门长官主印的一律处死，佐贰官杖一百充军边地。很多人蒙冤受死，其中就包括方孝孺的父亲方克勤，他是当时人公认的好官。
郭桓案。洪武十八年（1385），御史余敏等人告发户部侍郎郭桓等人串通舞弊，吞盗官粮。朱元璋十分重视，将他们全部逮捕。礼部尚书赵瑁、刑部尚书王惠迪、兵部侍郎王志等人亦牵连在内。最后追赃粮700万石，郭桓等数百人被处死，各地布政使官员入狱被杀者又有数洪武刻本《御制大诰》万人。追赃牵连到全国各地的地主，因此破产者不计其数。
不难发现，朱元璋所处置的大多数都是官吏，而对小民则很信任，甚至亲自接见粮长，被赏识的马上授予官职。这又体现出了朱元璋自身的小农情结。
从洪武十八年（1385）开始，朱元璋亲自制定、颁布《大诰》、《大诰续编》、《大诰三编》和《大诰武臣》，其内容主要是惩治贪官污吏、地方豪强以及侵扰百姓等问题。四编大诰共236条，其中惩治贪官污吏的竟达150条之多，而且极其严厉，共罗列有凌迟、枭首太祖谥册、夷族等惩罚，其严酷程度超过了历史上任何一个封建王朝。由于朱元璋采取的一系列惩贪倡廉的有力措施，明初的吏治改变了元末"赂遗权要"、"蠹政厉民"的腐败风气，日趋清明。他实行"以猛治国"的政策，虽然杀戮过重，但确实整饬了吏治，同时强化了中央集权，从而为明朝前期的繁荣铺平了道路。