明太祖朱元璋死后,燕王朱棣于建文元年以“清君侧之恶”的名义举兵反抗朝廷，至建文四年朱棣由燕王荣登皇位而结束，历时4年。就在朱棣攻入南京时，皇宫已是一片大火，建文帝下落不明。此后，有关惠帝已经出逃的传闻颇多，明成祖对此总是不放心，这件事也几乎成为他的一块心病。数百年来，建文帝的下落也是一桩争讼不决的历史悬案。综合各家说法，主要有“焚死”说和“逃亡”说两种。
一种说法认为建文帝是自焚而死的。据永乐年间修撰的《明太祖实录》中记载，燕王朱棣发动“靖难之役”，经过四年的征战，燕王获得全胜，建文四年，燕王统领大军开进南京金川门。当燕王军队进入皇宫时，宫中已是一片火海，建文帝也没了踪影。与此同时，建文帝所使用的宝玺也毫无踪影。正史记载建文帝死于宫中的大火中。《太宗实录》卷九记载：“上（即明成祖朱棣）望见宫中烟起，急遣中使往救，至已不及。中使出其尸于火中，还白上，上哭曰：‘果然，若是痴耶!吾来为扶翼不为善，不意不谅而遽至此乎!’……壬申，备礼葬建文君，遣官致祭，辍朝三日。”
仁宗朱高炽御制长陵后碑也说，建文帝殁后，成祖备以天子礼仪殓葬。成祖后来在给朝鲜国王的诏书中说：没想到建文帝在奸臣的威逼下纵火自杀。但是，太监在火后余烬中多次查找，只找到马皇后与太子朱文奎的遗骸，建文帝是活是亡无从得知。燕王为让天下知建文帝已自焚，曾作有祭文，但其坟墓在什么地方，无人可知。明末崇祯帝就曾说过：想给建文帝上坟，却不知在何处。另一种说法是在南京攻破之时，建文帝曾想自杀，但在其亲信说服下，削发为僧，从地道逃出了皇宫，隐姓埋名，浪迹江湖。明成祖死后，他又回到京城，死后葬于京郊西山朱圣祎不雅照。
朱棣登位后，感到生死未卜的建文帝对他有一种无形的压力，因此多次派心腹大臣到处访问。永乐年间郑和下西洋的陪同官员中，有不少锦衣卫士，这显然就是用于暗中查访建文帝的。明成祖曾向天下寺院颁布《僧道度牒疏》，将所有僧人名册重新整理，对僧人进行了一次全方位的调查。从永乐五年起，还派人以寻访仙人张邋遢为名到处查找，涉及大江南北，前后共20余年。
民间传言中，在许多地方都有建文帝的踪迹与传说。有的说建文帝先逃到云贵地区，后来又辗转到了南洋一带，直到现在，云南大理仍有人以惠帝（建文帝）为鼻祖。也有现代学者认为，当年建文帝潜逃后，曾藏于江苏吴县鼋山普济寺内，接着隐匿于穹窿山皇驾庵，于永乐二十一年在此病亡，埋于庵后小山坡上。至于建文帝的下落到底如何，以上两种说法都无法给出令人满意的答案。