明朝妖书案是发生明朝晚期历史上的悬案，万历二十六年和三十一年都发生过。第一次妖书案因为万历皇帝草草了事处理，并没有引起政坛的震动。而第二次妖书案牵连甚广，引起了明朝晚期时期朝局的混乱。
为什么会发生妖书案？明朝妖书案发生的原因，一般将其归咎于“国土之争”。万历皇帝的长子朱常洛的生母原本是一名宫女，因皇帝一时宠幸被封为恭妃，后诞下了皇长子。而被受万历皇帝宠爱的郑妃随后也生了一位皇子朱常洵。由于万历皇帝的皇后无子，因此在立储一事上，按照祖训，应立长子朱常洛为太子。但万历皇帝在郑妃的怂恿下，一度想立朱常洵为太子。大学士申时行等人唯恐皇帝破坏祖训，便上疏请册立东宫。万历皇帝一拖再拖，但遭到了大臣们的极力反对。因为当时太子又称之为“国本”，所以又被称之为“国本之争”。
第一次明朝妖书案，是由于山西按察使吕坤所著《闺范图说》被郑妃重新编修而引起的。吕坤上《天下安危疏》(即《忧危疏》)，吏科给事中戴士衡借此上疏弹劾吕坤，说他先写了一本《闺范图说》，然后又上《安危疏》，是有祸心，是迎合郑妃想要易储。此书被认为是妖书。
第二次明朝妖书案，是由于内阁大学士沈一贯上奏请册太子，万历皇帝最终册立皇长子常洛为太子，朱常洵被封为福王。万历三十一年，内阁大学士朱赓在家门口发现了一份题为《续忧危竑议》的揭帖，指责郑贵妃意图废太子，册立自己的儿子为太子。此书在京中掀起轩然大波。万历皇帝要求朝中严查妖书的作者。由于事发突然，毫无线索可依，一时牵连甚众。沈一贯、沈鲤、郭正域等人成为当时的焦点。
两次明朝妖书案看起来好像都与“国土之争”有关，但这两次影响晚明政局事件，仅仅是由于立太子一事吗?不尽其然。第二次妖书案更体现出了此案背后牵连的党争势力。
第二次妖书案，从《刑部奏议》的审讯记录来看，该案可分为皦生光案、周嘉庆案、胡化案、达观案、沈令誉案和毛尚文案。这几个人看似毫无联系，实则基本都牵连到了当时朝中的党争势力。毛尚文是郭正域的同乡。沈令誉是医生，因为给郭正域家人治病，从而参与了郭正域进行的政治活动，并在这些活动中充当了郭正域与外界联系的信使。胡化是湖北荆门的一个小官，妖书案发生时，他正在京师寻找机会上告州官阮上卿等人，因形迹可疑被捕。他与郭正域为同乡同年。达观，万历年间到达京师，结交名僧。二十七年，为营救南康太守吴宝秀进京，在京的行为被许多执政者所不容。被逮捕是因为与沈令誉有关。因为达观交游于京师时，沈令誉是其随从之一。周嘉庆是锦衣卫督，是唯一一位被卷入并受到严刑拷训的任官，他的被卷入，直接源于同官之间的争权，进而成为当时不同政派之间的直接牺牲品。唯一与党争势力关系不大的是皦生光，他作为一个“斥员”，靠诈骗营生，将其称之为无赖丝毫不为过。
统观这六人，除了皦生光，他在党争中起的作用十分有限，是妖书案的间接牺牲品。其余人与郭正域或多或少都有关系，他们被卷入的背后有着清晰的政治关系链。由此可见，明朝妖书案影响甚广的一个重要原因是党争。第二次明朝妖书案发生的时候，是以沈一贯为首的首辅集团与沈鲤为首的次辅集团斗争的时候，沈一贯为了排挤沈鲤、郭正域等人，于是指使党羽将与郭正域有关的人网罗进案中，以此来增强自己的实力。
所以，两次明朝妖书案虽然都和“国土之争”息息相关，但就其实质来说，是明朝晚期党派之争的另一种形式。