洪武元年(1368)，朱元璋于南京称帝，国号大明，年号洪武。
太子病故 孙子继位
洪武二十四年(1391)，朱元璋意欲迁都西安，遂派太子朱标巡视关中。然而，世事难料，朱标自秦中视察返京后不久患病，第二年就病逝了。
太子朱标壮年而逝，白发人送黑发人，年近七十的朱元璋受到沉重的打击，再也没有精力和心情考虑迁都的事情。
朱元璋对朱标寄予厚望，从朱标出生的那一刻起，朱元璋就把他当做继承人来培养，为他聘请了宋濂等名士当他的老师。为了这个儿子将来能继承大统，朱元璋着实费了一番功夫。长大后的朱标也着实有仁主风范，《明史》里这样评价朱标，“太子为人友爱“，“其仁慈天性然也”。
朱元璋一生共有26个儿子，朱标死后，只剩下镇守北平的燕王朱棣最有可能。
朱棣是朱元璋的第四个儿子，元至正二十年(1360年)四月十七日出生于应天府(今南京)。朱棣出生时，朱元璋与陈友谅正打得不可开交，没有时间给儿子起名字的。
到了至正二十七年(1367年)，朱元璋大局已定，就要准备登基当皇帝了，就决定要给7个儿子取名字了。他祭告太庙：仰承先德，自举兵以来，渡江生子七人。今长子命名曰标，……曰棣……。这时朱棣已经7周岁了，朱棣10岁，受封燕王。
太子死后，朱元璋选择了自己的孙子，朱标的次子朱允炆来继承皇位。朱允炆因生性"颖慧好学，性至孝"，而深得朱元璋的喜爱，称赞他:"而诚纯孝，顾不忘我乎。"
不过，对于这位"仁柔少断"的皇太孙将来继任帝位，朱元璋并不放心。
洪武三十一年(1398)朱元璋病故，皇太孙朱允炆即位为帝。尽管有朱元璋的遗诏，不许诸王"入临、会葬"，但燕王朱棣仍直奔京城建康(南京)，朱允炆闻讯后，立刻派人持敕，令朱棣返回燕京(北京)，对此朱棣十分不悦。
建文削藩
朱元璋为御侮防患，在位期间曾两次分封诸子为藩王。藩王各拥重兵，坐镇一方，其中尤以秦、晋、燕、宁诸王势力最强。太子朱标病故后，朱元璋对皇太孙的朱允炆对诸王势大难制深感忧虑。
朱棣20岁就开始就藩燕京北平，之后多次受命参与北方军事活动，两次率师北征，屡立战功，在北方军队中的颇具影响。
朱元璋晚年，功臣宿将被诛杀殆尽，北方军事均以诸王主之。长子太子朱标、次子秦王朱樉、三子晋王朱枫先后去世，朱四子朱棣不仅在军事实力上，而且在家族尊序上都成为诸王之首。
而燕王朱棣与周王朱橚及齐、代诸王均拥兵自重，多行不法，朝廷孤危。
朱允炆即位后，即与与兵部尚书齐泰、太常卿黄子澄等密议削藩。在削藩顺序上，先找有问题的亲王下手，先后废除了五位亲王。
因周王朱橚是燕王同母兄弟，朱允炆怕他与燕王沆瀣一气，于是决定先废周王。洪武三十一年(1398年)七月，建文帝削周王朱橚。将周王全家押回南京，废为庶人，迁往云南蒙化。
次年四月，削齐、湘、代三位亲王，废为庶人。湘王朱柏不堪受辱举家自焚。
由于朝廷削藩激化矛盾，藩王与朝廷开始决裂，此时实力最强的燕王就成了真正的众藩之首。而朱允炆与朱棣之间的博弈亦逐渐激化。
靖难之役
为图朱棣，朱允炆令张昺为北平布政使，谢贵、张信掌北平都指挥使司，以谢贵控制北平(今北京)，另以都督宋忠、徐凯、耿瓛屯兵开平、临清、山海关一带，并调检燕府护卫军士，加强防燕措施。
建文元年六月，齐泰密敕张信逮捕朱棣。张信是朱棣的旧部，他投降向了朱棣并把消息告诉了朱棣。七月，朱棣以计擒杀张昺、谢贵，乘夜攻夺北平九门，占据了北平。然后以尊祖训、诛“奸臣”齐泰、黄子澄，为国“靖难”为名，誓师出征。
所谓“靖难”来自于朱元璋的一条成法。朱元璋当国时，恐权臣篡权，规定藩王有移文中央索取奸臣和举兵清君侧的权利，他在《皇明祖训》 中说:"朝无正臣，内有奸逆，必举兵诛讨，以清君侧。"朱棣以此为理由，指齐泰、黄子澄为奸臣，须加诛讨。故而靖难之役中朱棣的口号是"清君侧，靖国难"。这其中，"靖难"的意思:"靖"指平息，扫平，清除。"靖难"代表平定祸乱，平息战乱，扫平奸臣的意思。
不过太祖的成法里面还有一条就是皇帝先召唤藩王，藩王才能起兵，且成功铲除奸臣后要五日之内离京。所以这不过是朱棣想要夺取皇位的一个借口而已。
朱棣初起兵时，燕军只据北平一隅之地，势小力弱，朝廷则在各方面都占压倒性优势。所以战争初期，朝廷拟以优势兵力，分进合击，将燕军围歼于北平。但北方诸将多朱棣旧部，降朱棣从战者甚多。且朱棣军事才能了得，逐步占据了主动。
至建文四年(1402年)六月十三，燕军抵达金陵。守卫金川门的朱橞和李景隆望见朱棣麾盖，开门迎降。历时四年的"靖难之役"以燕王朱棣的胜利而告终。
朱棣登基
燕王进入京城，文武百官纷纷跪迎道旁，在群臣的拥戴下即皇帝位，是为明成祖，年号永乐。朱棣继位，但不是继承朱允炆的帝位，而是继承明太祖朱元璋的帝位，他废除了建文年号，改称建文四年为洪武三十五年。
燕王进京后，因宫中起火，建文帝则下落不明。有的说建文帝于宫中自焚而死，有的说建文帝由地道出逃，落发为僧，云游天下。又有说建文帝逃至东南亚，郑和下西洋的其中一个目的就是寻找建文帝。建文帝的真正下落已不可确考，成为明史上的一大悬案。