在许多人看来，秦琼在隋唐时期的武力即使排不上第一，也绝对是前三之列，但就是如此的秦琼，在李世民排凌烟阁二十四将的座次时，竟然被排到了二十四名，这真的就是公平的吗?
秦琼的真实实力如何根据一直都是只能推测而不能言之凿凿确定下来的，笔者也只能从史书的只言片语上了解到秦琼的勇猛。
秦琼，当初李密进攻宇文化及，几乎战败，正是因为秦琼其人整顿残兵再次作战，这才最终击败了宇文化及部，后来李密投靠了李渊，秦琼跟着成为了唐军势力的早期班底。李渊让其跟随李世民作战，秦琼正是从此时开始，成为了李世民手下猛将之一。
秦琼在李世民手下战功无数，是李世民手下的最大功臣之一，同时，秦琼还是其手下最早的班底之一，再加上秦琼武力高强，这样的人本应该在李世民的心目中占据极高地位，但他最终却是不过一凌烟阁二十四功臣之末位，究其原因，不过是因其与李世民并无想象中的那般和睦。
凌烟阁二十四功臣，本就是李世民用来纪念功臣设置的称号，秦琼可确实算不上一个值得被李世民纪念的功臣。
当初李世民发动玄武门之变，秦琼并没有站在他这一边，这一战关系着李世民的身家性命，也关系着大唐江山的所属。
对于李世民来说，这一战几乎是决定成败的关键，但昔日里最忠心的手下这时候却是顾念李渊的知遇之恩，并没有帮助李世民，虽然秦琼的所为也是情非得已，但这也确实让李世民对其有了芥蒂。
因为没有直接参与玄武门之变，所以这是其在凌烟阁二十四功臣中排名末尾的主要原因。
此外，凌烟阁二十四功臣的排位，主要是依照官职高低来排的，官职相同，则按照爵位来排名，而当时秦琼的职位其实很低，在凌烟阁二十四功臣中绝对是垫底的，而职位最高的则是长孙无忌，长孙无忌也是众人中官职最高的一个。
但秦琼的官职不高，又怎么会与他没有直接参与玄武门之变无关呢?大事已成，李世民开始论功行赏，没有直接参与玄武门之变的秦琼自然也排到了末位。
可以说之所以秦琼的排位最低，与其在关键时刻的选择是紧密相关的，关键时刻，秦琼站错了队，这也怨不得李世民把往日里的肱骨之臣排到末位了。